| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,578,824 | C→A | 5.6% | A21S (GCC→TCC) | aegA ← | putative oxidoreductase, FeS binding subunit/NAD/FAD‑binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,578,824 | 0 | C | A | 5.6% | 1023.2 / 22.6 | 283 | A21S (GCC→TCC) | aegA | putative oxidoreductase, FeS binding subunit/NAD/FAD‑binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (101/166); new base A (9/7); total (110/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
ATTAGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTGGTTGTAAAAACCTTATTCTTTATATGAGTGTTGTTATTACCCGACTTACAGGGGAATCGGCAATGTTCAT > CP009273/2578675‑2578971 | tAGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGa > 1:3269796/1‑150 (MQ=255) tAGGGCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGa > 2:2126089/1‑150 (MQ=255) gggCAGCTACGGGCGCAGGGCGCATCTTCACAATGGTGACAGGTCACTGCACTACGTTGCTGTTGATGTTTGATAACCGTAATTCGGGGATGAAAATGGTGTTGGCTCAGGACATGTTGCTCATCATTGTGAGCCATGACACAGGCGAtt < 2:2929454/150‑1 (MQ=255) 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atcatTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTGGTTGTAAAAACCTTATTCTTTATATGAGTGTTGTTATTACCCGACTTAc < 2:2475940/150‑1 (MQ=255) atcatTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTGGTTGTAAAAACCTTATTCTGTATATGAGTGTTGTTATTACCCGACTTAc > 2:4391481/1‑150 (MQ=255) catTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTGGTTGTAAAAACCTTATTCTTTATATGAGTGTTGTTATTACCCGACTTACAg < 2:2751675/150‑1 (MQ=255) atTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTGGTTGTAAAAACCTTATTCTTTATATGAGTGTTGTTATTACCCGACTTACAgg < 1:2562851/150‑1 (MQ=255) atTGTGAGCCATGACACAGGCGATTTCACAAGCATGACAACCCAGACATTGCTGACTGTTGGCCATAATAAAACGATTCATAACGACCTTCTTTTTTGGTTGTAAAAACCTTATTCTTTATATGAGTGTTGTTATTACCCGACTTACAgg < 1:4877719/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |