Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,694,843 | G→T | 100% | I82I (ATC→ATA) | pdxJ ← | pyridoxine 5'‑phosphate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,694,843 | 0 | G | T | 97.2% | 924.7 / 10.9 | 293 | I82I (ATC→ATA) | pdxJ | pyridoxine 5'‑phosphate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/5); new base T (157/126); total (161/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.21e-01 | |||||||||||
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Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
AGAAACCTGAATCCCGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGG > CP009273/2694696‑2694988 | agaAACCTGAATCCCGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTAt < 2:2123879/150‑1 (MQ=255) aaaCCTGAATCCCGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCg < 2:583806/150‑1 (MQ=255) aaCCTGAATCCCGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCTATCGc > 2:1410189/1‑150 (MQ=255) 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cAACGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCt > 1:1237939/1‑150 (MQ=255) aaCGGCTATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTc > 1:2053318/1‑150 (MQ=255) | AGAAACCTGAATCCCGGCATCTGCCAGACGTTTGCAGGCATCGCGCATTTTGTCACGCTGCCCTGCGACATCCAGGCCGCCTTCGGTTGTTACTTCCTGACGCTTTTCCGGTACCAGGCAGCAAAAATGTGGCTTCGTCTCAACGGCGATCGCCAGCATCTCTTCGGTCACCGCCATCTCCAGATTCATGCGGGTATCCAGCGTCTGACGCAGGATGCGCACGTCGCGGTCAGTAATGTGACGGCGATCTTCACGTAAATGCACGGTAATGCCGTCCGCTCCCGCCTGCTCGG > CP009273/2694696‑2694988 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |