Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 24,012 | A→T | 13.8% | H541L (CAC→CTC) | ileS → | isoleucyl‑tRNA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 24,012 | 0 | A | T | 13.8% | 816.6 / 103.9 | 295 | H541L (CAC→CTC) | ileS | isoleucyl‑tRNA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (141/112); new base T (16/25); total (157/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
ACTGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTGGAAGGTTCTGACCAACACCGCGGCTGGTTCATGTCTTCCCTAATGATCTCCACCGCGATGAAGGGTAAAGCGCCGTATCGTCAGGTACTGA > CP009273/23863‑24161 | tGATGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCctct > 2:3944594/1‑150 (MQ=255) aTGGAAGAAGTGGCAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCActct < 2:1716683/150‑1 (MQ=255) gaagaaGTGGCAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACAGGGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACtcttct > 2:4470659/1‑150 (MQ=255) aagaagTGGCAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCtg < 2:4757402/150‑1 (MQ=255) agaagTGGCAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCtgt > 1:684804/1‑150 (MQ=255) agTGGCAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCtgttgt > 2:3569391/1‑150 (MQ=255) ggCAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGa < 1:4867602/150‑1 (MQ=255) gCAAAACGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGAc < 2:2125366/150‑1 (MQ=255) aaaaCGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGt > 1:1646532/1‑150 (MQ=255) aaaCGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCAACTCTTCTGTTGTTGACGTg > 2:53833/1‑150 (MQ=255) aCGCGTTGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCg < 1:5145716/150‑1 (MQ=255) tGAAGTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGa > 1:4106590/1‑150 (MQ=255) gTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAAttt < 1:1321189/150‑1 (MQ=255) gTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAAttt < 1:1024168/150‑1 (MQ=255) gTCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAAttt > 2:3090280/1‑150 (MQ=255) tCGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTg < 2:3406466/150‑1 (MQ=255) cGATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGc > 1:3233156/1‑150 (MQ=255) gATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGACTTTGcc > 2:51103/1‑150 (MQ=255) gATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGcc < 2:119590/150‑1 (MQ=255) gATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGcc < 2:4370641/150‑1 (MQ=255) gATGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGcc > 2:2366701/1‑150 (MQ=255) tGGCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCgg > 2:3017566/1‑150 (MQ=255) ggCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGACGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGt > 1:1151579/1‑150 (MQ=255) ggCATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGt > 1:2028210/1‑150 (MQ=255) cATCCAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCa < 1:2737008/150‑1 (MQ=255) cAGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCa > 2:277812/1‑150 (MQ=255) aGGCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAg > 1:730138/1‑150 (MQ=255) gCGTGGTGGGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCg > 2:528192/1‑150 (MQ=255) tggtggGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGAc > 2:592281/1‑150 (MQ=255) ggtggGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTCCCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACa > 2:201655/1‑150 (MQ=255) tggGATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATg > 1:461482/1‑150 (MQ=255) gggATCTCGATGCGAAAGAGCTCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGCAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGCCTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGt < 1:2173653/150‑1 (MQ=255) gATCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTAt > 1:3455389/1‑150 (MQ=255) aTCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCTCTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATc > 1:605915/1‑150 (MQ=255) aTCTCGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATATACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATc > 1:3808025/1‑150 (MQ=255) ctcGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTg > 1:3964646/1‑150 (MQ=255) cGATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCTCTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTGGa > 1:4400204/1‑150 (MQ=255) gATGCGAAAGAGATCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTGGaa > 1:2951895/1‑150 (MQ=255) 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agaTCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTGGAAGGTTCTGAcc > 1:3953040/1‑150 (MQ=255) agaTCCTCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTGGAAGGTTCTGAcc > 2:2903418/1‑150 (MQ=255) tCGGCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTGGAAGGTTCTGACCAACAcc > 2:865304/1‑150 (MQ=255) ggCGACGAAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCACTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTCACGCAGCGGACATGTATCTGGAAGGTTCTGACCAACACcgc > 1:4122326/1‑150 (MQ=255) cgaAGCTGATCAGTACGTGAAAGTGCCGGACACATTGGATGTATGGTTTGACTCCGGATCTACCCTCTCTTCTGTTGTTGACGTGCGTCCGGAATTTGCCGGTTACGCAGCGGACATGTATCTGGAAGGTTCTGACCAACACCGCGGCTg < 1:2604463/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |