| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,751,558 | G→T | 100% | T134T (ACC→ACA) | yfjH ← | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,751,558 | 0 | G | T | 98.6% | 681.8 / ‑0.4 | 209 | T134T (ACC→ACA) | yfjH | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base T (108/98); total (110/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
CCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTGGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTACC > CP009273/2751411‑2751704 | ccGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGt < 1:680135/150‑1 (MQ=255)ccGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGt < 2:1304208/150‑1 (MQ=255)ccGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTTGt > 2:1456147/1‑150 (MQ=255) 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aCGTTTCCTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCacac > 1:3728001/1‑150 (MQ=255) cTTTGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTAcc < 2:1044992/150‑1 (MQ=255) | CCGATGAAATGCTTTAAAGGCAACGTTTTCATTTTCAGACATGATAGATTTTCCCCAGAAAAAAGAGATTGAGGCGAACATAAGGTGTGCCTTGAAAATGTCATTAATGGAAAATGGCTCGATAACAAGAGGTAAAAACGTTTCCTTGGTAAGGTTTGAACTTAGATTTTTCCAGCATTCTTGAGCTGGATCATATAATTCAGTGTATTCTTCCTTTATCTCCAGTTGCCCATTCACTGTATGGTGCCTTGTTTCCCATGGTACATCGCAGGAATATAACCTCACACGAGTACC > CP009273/2751411‑2751704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |