Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,879,449 | G→T | 100% | S377* (TCA→TAA) | ygcB ← | R‑loop helicase‑annealase Cas3 needed for Cascade anti‑viral activity |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,879,449 | 0 | G | T | 100.0% | 960.6 / ‑6.7 | 287 | S377* (TCA→TAA) | ygcB | R‑loop helicase‑annealase Cas3 needed for Cascade anti‑viral activity |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (142/144); total (143/144) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
GATCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTGAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAAGCATAGCATTCGCGGTAGCTTGTGTTGGGAGGGCAAAAATAACACTATCCGCAATTTGTTGATCAATAAGTTTCCAA > CP009273/2879303‑2879595 | gATCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAAt < 1:1823938/150‑1 (MQ=255) gATCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAAt > 2:4167320/1‑150 (MQ=255) aTCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAAtt < 1:3312085/150‑1 (MQ=255) aTCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAAtt < 2:2313016/150‑1 (MQ=255) aTCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAAtt < 1:3553241/150‑1 (MQ=255) tCAATCGTGCACACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTg < 2:4279528/150‑1 (MQ=255) tCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTACTCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTg > 2:3474415/1‑150 (MQ=255) tCAATCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTg < 2:696080/150‑1 (MQ=255) aaTCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTCATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGcc > 1:4387802/1‑150 (MQ=255) aaTCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGcc > 1:2953409/1‑150 (MQ=255) aaTCGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGcc > 1:3850095/1‑150 (MQ=255) cGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATg > 1:6712/1‑150 (MQ=255) cGTGCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATg < 1:4028683/150‑1 (MQ=255) tcAAACGCCTATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGc < 1:5079914/149‑1 (MQ=255) gCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGc > 1:4562499/1‑150 (MQ=255) gCAAACGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGc < 1:2368556/150‑1 (MQ=255) aaaCGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCaa > 2:2656336/1‑150 (MQ=255) cGCCGATTTGCCCAAGAAACACTTTCTTATTGCTTTGTGACAACCACTGACAACACTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGaa < 2:2609856/150‑1 (MQ=255) 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cacTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAagc < 2:5031771/150‑1 (MQ=255) cacTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAagc > 1:447531/1‑150 (MQ=255) acTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTCATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAagca > 1:914094/1‑150 (MQ=255) cTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAagcat > 1:830882/1‑150 (MQ=255) cTGAACCCACGCTTCTTCTTGCCCCTGTTCAGTAATCGCGCGTGATTTTATTGATTGAAAGAGGTGGTTAAACCGTTAATTGCCATGAGCAAGAATAAGATTTGGGGATGAAAATAAGTGGCTCGCGCTCGCTTCCATTCTCGTAagcat > 1:2286451/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |