| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,988,554 | G→A | 100% | intergenic (‑103/+119) | ygeK ← / ← ygeN | pseudogene; putative 2‑component transcriptional regulator/pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,988,554 | 0 | G | A | 96.6% | 478.6 / 4.8 | 146 | intergenic (‑103/+119) | ygeK/ygeN | pseudogene; putative 2‑component transcriptional regulator/pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base A (87/54); total (90/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ATAAACGGCTGCTGATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATGAAATATAATTAAAAATAAAATTTTTGCGTAAAAAAATACCACAGGCATTAAAAAATCATGAGATGATTAAAATATTACAATTAGATTATATTCAAATCATTAAACTTGAGCCAGGGAGCTATAAGTCCTCAGGGCTTGCCAAAACA > CP009273/2988408‑2988700 | aTAAACGGCTGCTGATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATaaaa < 2:5007266/150‑1 (MQ=255) aCGGCTGCTGATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAAtata < 2:1266142/150‑1 (MQ=255) cGGCTGCTGATCTGAAACTACAATTTTAATTTTTCCCATATATTCATCCTGAGTGTAAATGCTTTAACGCATTCATTTATAATCATCCCTTCCATTATTATTATAAGCAAAATCCAAAGAATACATTGATGAAATAATAATAAAATATaa > 1:3069948/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |