| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,017,285 | G→T | 100% | D871Y (GAC→TAC) | xdhD → | putative hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding/Fe‑S binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,017,285 | 0 | G | T | 99.7% | 1074.8 / ‑5.0 | 321 | D871Y (GAC→TAC) | xdhD | putative hypoxanthine oxidase, molybdopterin‑binding/Fe‑S binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (151/169); total (151/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
AACACGCGTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATGACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTGGTGACATTCCGCGTGATTTCCGCGCTGTGCTGGTGCCGAGCGACGATAAAGTCGGCCCGTTCGGGGCGAAATCGATCTCGGAAATCGG > CP009273/3017138‑3017430 | acacGCGTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACg > 2:1527863/1‑150 (MQ=255) cacGCGTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGc > 1:2126106/1‑150 (MQ=255) acGCGTACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGcc > 1:1639493/1‑150 (MQ=255) tACGGGTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAgg > 1:3925319/1‑150 (MQ=255) ggTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCAc > 1:695567/1‑150 (MQ=255) gTGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCAcc > 2:3063522/1‑150 (MQ=255) tGAAATCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCAccc < 1:2738746/150‑1 (MQ=255) aTCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTa < 2:2759432/150‑1 (MQ=255) aTCCGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTa < 1:2179631/150‑1 (MQ=255) ccGCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAAc > 2:408160/1‑150 (MQ=255) gCCTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAAcgc > 1:3480937/1‑150 (MQ=255) ccTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAAcgcg > 1:3768562/1‑150 (MQ=255) cTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGt > 1:2364481/1‑150 (MQ=255) cTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGt > 1:435256/1‑150 (MQ=255) cTGGATAAATTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGt < 1:578645/150‑1 (MQ=255) aaTTCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTAc < 2:3846612/150‑1 (MQ=255) ttCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGc > 1:828940/1‑150 (MQ=255) tCTACGCCTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCa > 1:3217568/1‑150 (MQ=255) 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ccTTGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACg < 1:4502107/150‑1 (MQ=255) ttGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGgc < 2:1603391/150‑1 (MQ=255) ttGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGgc > 1:3108974/1‑150 (MQ=255) tGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGgcg > 1:2653737/1‑150 (MQ=255) tGCTGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGgcg < 1:381264/150‑1 (MQ=255) tGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCAc < 2:2747241/150‑1 (MQ=255) tGGACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCAc > 2:4347889/1‑150 (MQ=255) gACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCg < 2:2042473/150‑1 (MQ=255) gACTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCg > 1:4848250/1‑150 (MQ=255) aCTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGa < 1:3021793/150‑1 (MQ=255) cTGCGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGaa > 1:1598311/1‑150 (MQ=255) cGGTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAAt > 1:2858568/1‑150 (MQ=255) gTACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTg < 1:1979412/150‑1 (MQ=255) tACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTgg > 2:4550405/1‑150 (MQ=255) tACACCGGTCAATCCAGAGTTAGCGTTGGGACAAATCTACGGTGCCACCCTGCGTGCTATCGGCCACAGTATGAGCGAAGAGATCA‑TTTATTACGCCGAAGGTCACCCGTTAACGCGTGATTTACGCAGTTACGGCGCACCGAAAATTgg > 2:1290504/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |