Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 259,494 | G→T | 100% | C75* (TGC→TGA) | yafW ← | CP4‑6 prophage; antitoxin of the YkfI‑YafW toxin‑antitoxin system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 259,494 | 0 | G | T | 98.0% | 970.8 / 5.4 | 300 | C75* (TGC→TGA) | yafW | CP4‑6 prophage; antitoxin of the YkfI‑YafW toxin‑antitoxin system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/1); new base T (156/138); total (161/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
CCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAATGCAG > CP009273/259347‑259640 | ccgcccgcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCa > 1:1522428/1‑150 (MQ=255) gcccgcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGt > 1:4999373/1‑150 (MQ=255) cgcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAACTGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTggg < 2:2238305/150‑1 (MQ=255) cgcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTggg < 1:4414378/150‑1 (MQ=255) tGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCAt > 1:3130686/1‑150 (MQ=255) tGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCAt < 1:4617290/150‑1 (MQ=255) gAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCAta < 2:4684876/150‑2 (MQ=255) gAGTTATAGCAGGTAAAGTTTTCATGTGTGCTCTCGTGGAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCAtg < 2:3894068/150‑1 (MQ=255) tgTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCAtgg > 1:2779125/2‑150 (MQ=255) tgTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGAAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCTGCTACGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCAtgg > 1:1361152/2‑150 (MQ=255) aGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCAtgg > 2:3339302/1‑150 (MQ=255) aGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCAtgg > 2:3391750/1‑150 (MQ=255) atggCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTggg < 2:1712821/147‑1 (MQ=255) aTTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGTCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTggg > 2:258877/1‑150 (MQ=255) aTTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGTGCATGGTggg > 1:3027128/1‑150 (MQ=255) aTTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTggg < 1:3530556/150‑1 (MQ=255) aTTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTggg < 1:2217905/150‑1 (MQ=255) aTTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTggg > 2:2172956/1‑150 (MQ=255) 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ttCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCgg > 1:5078882/1‑150 (MQ=255) cATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCggtg > 1:1797510/1‑150 (MQ=255) cATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCggtg < 2:4577313/150‑1 (MQ=255) tGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCggtggt > 1:1441055/1‑150 (MQ=255) tGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCggtggt > 1:2488714/1‑150 (MQ=255) 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tataCGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGc > 2:3412945/1‑150 (MQ=255) tataCGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGc > 2:1867162/1‑150 (MQ=255) ataCGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCt < 2:4863296/150‑1 (MQ=255) ataCGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCt > 1:1084951/1‑150 (MQ=255) ataCGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCt > 2:1884276/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |