| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,238,152 | C→T | 15.0% | intergenic (‑52/‑311) | uxaC ← / → exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,238,152 | 0 | C | T | 15.0% | 690.0 / 92.7 | 253 | intergenic (‑52/‑311) | uxaC/exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (98/116); new base T (14/24); total (112/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
TGGTAATCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTAC > CP009273/3238003‑3238298 | ggTAATCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACa > 1:84547/1‑150 (MQ=255) gTAATCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACaa < 2:4680998/150‑1 (MQ=255) tAATCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACaaa > 1:2119504/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |