| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,343,975 | C→A | 100% | noncoding (40/121 nt) | arcZ → | sRNA positive antisense regulator of rpoS; binds Hfq |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,343,975 | 0 | C | A | 96.6% | 819.8 / 15.1 | 265 | noncoding (40/121 nt) | arcZ | sRNA positive antisense regulator of rpoS; binds Hfq |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/3); new base A (140/116); total (146/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
CCTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGATTTCCCTGGTGTTGGCGCAGTATTCGCGCACCCCGGTCTAGCCGGGGTCATTTTTTAGTGGCTTTTGCCACCCACGCTTTCAGCACTTCTACGTCGTGACGCCACTCTTCTTTCATCTCTTC > CP009273/3343828‑3344122 | cTTTCGCAATTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCata < 2:512652/150‑1 (MQ=255) aaTTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAAttt > 1:2878183/1‑150 (MQ=255) aaTTGACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAAttt > 1:3907197/1‑150 (MQ=255) gACTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACgg > 2:3662816/1‑150 (MQ=255) aCTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGgc > 2:3397104/1‑150 (MQ=255) aCTGAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGgc < 2:3734201/150‑1 (MQ=255) gAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCa < 2:701622/150‑1 (MQ=255) gAAACACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCa < 1:2283264/150‑1 (MQ=255) aaCACATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGc < 1:1141519/150‑1 (MQ=255) acacATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATCATAATAATTTACGGCGCAGcc > 2:4674477/1‑150 (MQ=255) acacATTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGcc > 2:2360951/1‑150 (MQ=255) acaTTAATTTTTTTAATAAAAATGGTACGCATCACACATTTAACTGATTCATGTAACTAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAATACTGTGCTGTGCCCTGGTAACTCATAATAATAATTGACGGCGCATCCac > 2:2612522/1‑149 (MQ=255) ttATTTTTTTTAATAAAAATGGTAAGAATCACACATTTAACTGATTCATGTAACAAATCATTTAAGTTTTGCTATCTTAACTGCGTGCGGCCTGAAAAACAGTGCTGTGCCCTTGTAACTCATAATAATAATTTACGGCGCAGCCAAGAt < 1:3029246/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |