| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,411,250 | G→T | 100% | E953D (GAG→GAT) | acrF → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,411,250 | 0 | G | T | 98.8% | 815.2 / ‑0.4 | 253 | E953D (GAG→GAT) | acrF | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base T (118/132); total (120/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
TGCCGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGAGAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCTATCCTGATGACCTCTCTCGCCTTTATTCTCGGCGTATTACCGCTAGCTATCAGTAACGGTGCCGGCAGTGGCGCGCAGAACGCTG > CP009273/3411102‑3411395 | cGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAag < 2:523323/150‑1 (MQ=255) cGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAag > 1:840375/1‑150 (MQ=255) cGTTAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAag > 1:2419994/1‑150 (MQ=255) tAGGGATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAgg > 2:59301/1‑150 (MQ=255) ggATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTa < 1:407882/150‑1 (MQ=255) ggATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTa < 1:3400871/150‑1 (MQ=255) ggATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTa > 1:1081813/1‑150 (MQ=255) gATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTCATCAAAAACATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATTAAGAGGGTaa < 2:4748801/150‑1 (MQ=255) gATTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCGACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTaa < 2:3028545/150‑1 (MQ=255) aTTGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTaaa < 1:808113/150‑1 (MQ=255) ttGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAg < 1:3932948/150‑1 (MQ=255) ttGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAg < 2:3184491/150‑1 (MQ=255) ttGTCGGCGTGCTGCTGGCGGCGACACTCTTTAATCAAAAAAATGACGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAg < 1:2345412/150‑1 (MQ=255) 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tGACGTCTACTTTATGTTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGATCGCTAAAGATATCAAGGATAAAGAGGGTAAATGTGTTGTTGAAGCGAAACTGAGGGCAGTACGGAtgcgtctgcg > 2:2627688/1‑150 (MQ=255) aCGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTAtgcgtctgcgtc < 1:2769588/150‑1 (MQ=255) aCGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTAtgcgtctgcgtc < 2:269766/150‑1 (MQ=255) cGTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTcc < 1:386648/150‑1 (MQ=255) gTCTACTTTATGGTGGGCTTGCTAACGACAATTGGCTTGTCGGCCAAAAACGCTATTTTGATCGTTGAGTTCGCTAAAGATCTCATGGATAAAGAGGGTAAAGGTGTTGTTGAAGCGACACTGATGGCAGTACGTATGCGTCTGCGTCCt < 1:4523601/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |