Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 307,479 | G→A | 100% | intergenic (‑432/‑344) | ecpR ← / → ykgL | putative transcriptional regulator for the ecp operon/uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 307,479 | 0 | G | A | 97.7% | 724.9 / 4.1 | 218 | intergenic (‑432/‑344) | ecpR/ykgL | putative transcriptional regulator for the ecp operon/uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/1); new base A (122/90); total (127/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
TTACTTGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGATTAAGTGAAGTTAAACG > CP009273/307332‑307625 | tACTTGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCa > 1:4723921/1‑150 (MQ=255) tGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATCa > 2:3750063/1‑150 (MQ=255) tGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATAtttt > 2:3069254/1‑150 (MQ=255) ggTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTa > 2:2596369/1‑150 (MQ=255) ggTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTa > 2:4843370/1‑150 (MQ=255) cAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATg > 1:4257442/1‑150 (MQ=255) aGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATgg < 2:2246284/150‑1 (MQ=255) aaCTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGAtt > 2:711194/1‑150 (MQ=255) aaCTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGAtt > 1:3169741/1‑150 (MQ=255) aaCTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGAtt > 1:4895660/1‑150 (MQ=255) cTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTaa > 1:1635042/1‑150 (MQ=255) cTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTaa > 2:3698639/1‑150 (MQ=255) tttGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAAc < 2:3691/150‑1 (MQ=255) 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ggAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGt < 2:2349995/150‑1 (MQ=255) gAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGtt < 1:1439589/150‑1 (MQ=255) aaTAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTa < 2:673993/150‑1 (MQ=255) aaTAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTa < 1:961684/150‑1 (MQ=255) tCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGgt > 2:2665104/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |