Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,575,032 | C→A | 100% | intergenic (+46/‑191) | yhhY → / → yhhZ | putative acetyltransferase/putative Hcp1 family polymorphic toxin protein; putative colicin‑like DNase/tRNase activity |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,575,032 | 0 | C | A | 99.5% | 630.2 / ‑4.6 | 189 | intergenic (+46/‑191) | yhhY/yhhZ | putative acetyltransferase/putative Hcp1 family polymorphic toxin protein; putative colicin‑like DNase/tRNase activity |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (85/103); total (85/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
CTATAAAAAATACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATCGACATACCTTCCTTTAAGGTATTTATTTGCCCAATACATATATTGAGATTTAACTCATAATTACTTCCTAAAGTGTAATATTTTATTTTTTAATATATACGCCTACAATTTCCTGGAGTAAATAAATAACAATTAACAAGCATAAT > CP009273/3574887‑3575178 | ataAAAAATACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACATa < 1:5097119/150‑1 (MQ=255) taAAAAATACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACATAc > 2:3206772/1‑150 (MQ=255) aaaaTACGTCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACATAcctt < 1:4793409/150‑1 (MQ=255) aaaaTACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCTCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACATAcctt > 1:2594841/1‑150 (MQ=255) aaaaTACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACATAcctt < 1:1753211/150‑1 (MQ=255) aaaTACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACATAccttc > 1:15730/1‑150 (MQ=255) aaaTACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACATAccttc > 1:690608/1‑150 (MQ=255) aTACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACATAccttcct > 2:4389774/1‑150 (MQ=255) aTACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACATAccttcct < 1:4117920/150‑1 (MQ=255) aTACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACATAccttcct > 1:2645028/1‑150 (MQ=255) tttGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACATACCTTCCTTTAAGGt > 2:4873151/1‑150 (MQ=255) ttGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACATACCTTCCTTTAAGGta < 2:3181536/150‑1 (MQ=255) gAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACATACCTTCCTTTAAGGtatt < 1:334234/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |