| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,577,827 | 0 | A | G | 5.6% | 618.5 / 20.1 | 195 | intergenic (+158/‑292) | yrhA/yrhB | pseudogene, interrupted by IS1E/stable heat shock chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (88/96); new base G (8/3); total (96/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
AGGAAACAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATATTAGCAGATACT > CP009273/3577678‑3577976 | ggAAACAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTAt > 2:1745586/1‑150 (MQ=255) gAAACAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTGtt > 1:14038/1‑150 (MQ=255) aaCAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTAtttt > 2:4765720/1‑150 (MQ=255) 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aTTTTAGCCGAAATAGCTAATGGATATGATGATTTTAATGACTTGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATATTAGCAGATACt < 1:3021080/150‑1 (MQ=255) | AGGAAACAAAAATCATTGTAAACCATGCCATCTTTTTAGAGATTACCAGCAGAAAATTCCTTGTTCGAAATTTAGCAGTGCAAGCTATGGAAAAACTTACAACGGAACTACACTCCTTAAGTGAGATGGACCGAAGACATGTAGTCTCTATTTTAGCCGAAATAGCTAATGGCTATGATGATTTTAATGACATGTTGATTTATTTAGAATTTTACCCGAATCATAAGATTCTGATATCTTAAATAAGAAAATCCCGTTCGACGTTCTGAAAAAGAAATCATAAAATATTAGCAGATACT > CP009273/3577678‑3577976 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |