| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,607,110 | C→A | 100% | I28I (ATC→ATA) | nikA → | nickel‑binding, heme‑binding periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,607,110 | 0 | C | A | 97.1% | 807.6 / 10.2 | 256 | I28I (ATC→ATA) | nikA | nickel‑binding, heme‑binding periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/3); new base A (117/131); total (122/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCAAAAAGCTGGAC > CP009273/3606963‑3607256 | tATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATaac > 2:135385/1‑150 (MQ=255) gACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATaaccac > 1:2297619/1‑150 (MQ=255) cGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCg < 1:813615/150‑1 (MQ=255) cGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCg < 1:2843498/150‑1 (MQ=255) cGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCg < 2:4653587/150‑1 (MQ=255) gAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGc > 1:2194537/1‑150 (MQ=255) aTACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCt < 1:3763026/150‑1 (MQ=255) aTACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCt < 1:2319144/150‑1 (MQ=255) tACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTg < 2:79460/150‑1 (MQ=255) tACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTg < 2:3607557/150‑1 (MQ=255) aCTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTgg < 2:4467321/150‑1 (MQ=255) cTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGc > 1:2120150/1‑150 (MQ=255) tAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCg > 1:3199697/1‑150 (MQ=255) aaaTCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGt < 2:1208834/150‑1 (MQ=255) aaTCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTg < 1:4660111/150‑1 (MQ=255) aTCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGa > 2:1434507/1‑150 (MQ=255) tCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGaa > 1:907787/1‑150 (MQ=255) cATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTc > 2:2155900/1‑150 (MQ=255) cATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTc < 2:1509510/150‑1 (MQ=255) aTACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCg < 1:4060724/150‑1 (MQ=255) tACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCgg > 1:1892947/1‑150 (MQ=255) cTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGc > 2:1065880/1‑150 (MQ=255) tATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCa < 1:1489648/150‑1 (MQ=255) 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tATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAAAGTCGGGCCACAAAACACGCAcc > 1:4999319/1‑150 (MQ=255) ttttAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCAcccc > 2:111390/1‑148 (MQ=255) ttttAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATGTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCtt < 2:3957040/150‑1 (MQ=255) ttttAATCCATGGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCtt < 2:3274864/150‑1 (MQ=255) tttAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGACTGTCGGGCCACTAAACCCGCACCttt > 2:1697147/1‑150 (MQ=255) tAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTac > 1:2522178/1‑150 (MQ=255) aaTCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTaca < 1:47356/150‑1 (MQ=255) aTCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTacac > 1:1771260/1‑150 (MQ=255) aTCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTacac < 2:2672871/150‑1 (MQ=255) tCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACg < 2:4985139/150‑1 (MQ=255) 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ttGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTa > 2:643304/1‑150 (MQ=255) ttGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTa < 2:1194464/150‑1 (MQ=255) tGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTaa < 2:4224574/150‑1 (MQ=255) ggggTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAAc > 1:967141/1‑150 (MQ=255) ggggTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAAc > 1:3646433/1‑150 (MQ=255) 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tGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCg > 1:4171929/1‑150 (MQ=255) gCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGc > 1:2410810/1‑150 (MQ=255) ctctCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGcc > 2:543455/1‑150 (MQ=255) tctcCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGccc < 1:110877/150‑1 (MQ=255) ctcCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCa > 1:775553/1‑150 (MQ=255) 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aaaTAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCAAAAAGCTGGa < 2:2194537/150‑1 (MQ=255) aaTAACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCAAAAAGCTGGAc > 2:4814829/1‑150 (MQ=255) | TATGACGAATACTTAAAATCGTCATACTTATTTCCGCCATCTATTTTAATCCATTGGGGTTACCATGCTCTCCACACTCCGCCGCACTCTATTTGCGCTGCTGGCTTGTGCGTCTTTTATCGTCCATGCCGCTGCACCAGATGAAATCACCACCGCCTGGCCGGTGAATGTCGGGCCACTAAACCCGCACCTTTACACGCCTAACCAGATGTTCGCCCAGAGCATGGTTTATGAACCATTGGTGAAATATCAGGCAGACGGTTCGGTGATCCCGTGGCTGGCAAAAAGCTGGAC > CP009273/3606963‑3607256 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |