Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,639,239 | G→T | 100% | P165P (CCG→CCT) | rlmJ → | 23S rRNA m(6)A2030 methyltransferase, SAM‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,639,239 | 0 | G | T | 96.4% | 817.4 / 15.8 | 266 | P165P (CCG→CCT) | rlmJ | 23S rRNA m(6)A2030 methyltransferase, SAM‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/2); new base T (138/116); total (148/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
GACCGAACTGCACCCGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACTGTGGTATCCGGTGGTGCTGCGTCAGCAAATTAAGCGCATGATCCACGATCTGGAAGCGACCG > CP009273/3639092‑3639387 | gACCGAACTGCACCCGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACcctcc < 1:442161/150‑1 (MQ=255) gAACTGCACCCGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTTAATTTCAGAAAGATAGCAGTGCGCGTGTCGTAAAAGCCGACTGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCAGGTTTCCAGACGTTGTTTAATCCTTATCGACCCGCCGTat < 1:678179/150‑1 (MQ=255) aaCTGCACCCGAGCGATTACCCGTTGTTGCGTTCTGAATTTCAGAAAGATAGCCGTGCGCGTGTCGAAAAAGCCGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTatg < 1:2710233/150‑1 (MQ=255) 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ccGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGGGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTAttt > 1:3730489/1‑150 (MQ=255) cGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTa > 1:1671420/1‑150 (MQ=255) cGACGGTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTa > 2:2274/1‑150 (MQ=255) ggTTTCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCa > 1:2043395/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCAGCTTAAGGCCAAACTGCCGCCGGTTTCCCGCCGTGGTTTAATCCTTATCGACCCTCCGTATGAAATGAAAACTGACTATCAAGCGGTGGTCAGCGGGATAGCAGAAGGTTACAAACGTTTCGCCACTGGTATTTACGCACtg < 2:109706/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |