| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,646,984 | G→T | 100% | pseudogene (394/483 nt) | yhiS → | pseudogene |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,646,984 | 0 | G | T | 99.4% | 518.7 / ‑4.0 | 159 | pseudogene (394/483 nt) | yhiS | pseudogene |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (84/73); total (84/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
TTAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACTTTTAA > CP009273/3646838‑3647130 | ttAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaaa > 1:4391541/1‑150 (MQ=255)ttAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaaa > 1:571547/1‑150 (MQ=255) tAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaaaa > 2:3479032/1‑150 (MQ=255) aaaGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaaaaa > 1:3063475/1‑150 (MQ=255) aaaGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTaaaaa < 2:2892107/150‑1 (MQ=255) gCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGat < 2:398636/150‑1 (MQ=255) tttACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGAtata < 1:1696183/150‑1 (MQ=255) tACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATaaa > 1:2594885/1‑150 (MQ=255) cGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAAtt < 2:2503197/150‑1 (MQ=255) gACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTa > 2:4466362/1‑150 (MQ=255) acTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTAttg < 2:2640627/150‑3 (MQ=255) ctcCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGt > 2:1569756/1‑150 (MQ=255) tcCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTg > 2:1753591/1‑150 (MQ=255) tcCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTg < 2:4472850/150‑1 (MQ=255) cccGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTgg > 2:3233997/1‑150 (MQ=255) ccGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGga > 1:2376018/1‑150 (MQ=255) cGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaa < 1:4614529/150‑1 (MQ=255) cGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaa > 2:362101/1‑150 (MQ=255) cGATACAATAAAATTCAAACATGGGCACAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaa > 2:3077077/1‑150 (MQ=255) gATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaa < 1:2368648/150‑1 (MQ=255) tACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaata > 1:1352212/1‑150 (MQ=255) tACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaata > 1:576957/1‑150 (MQ=255) aaTAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaatagaa > 1:4656288/1‑150 (MQ=255) aaTAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaatagaa > 2:470679/1‑150 (MQ=255) aaTAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaatagaa > 1:1790691/1‑150 (MQ=255) aaTAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaatagaa > 1:2454877/1‑150 (MQ=255) aTAAAATTCAAACATGGGCAGAAATTTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGgaaatagaaa < 2:2751475/150‑1 (MQ=255) aTTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCa > 1:3669197/1‑150 (MQ=255) aaaCATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTGATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTg < 1:1906795/150‑1 (MQ=255) aaaCATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTg < 1:3386728/150‑1 (MQ=255) aaaCATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTg < 1:3777160/150‑1 (MQ=255) cATGGGCAGAAATGTCTGACTATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTa > 2:1440335/1‑150 (MQ=255) cATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTa > 2:3647672/1‑150 (MQ=255) cATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATAATGGGGTGGAAAAAGAAATACCATCTGGTa > 1:991286/1‑150 (MQ=255) aTGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGGaa > 2:3026715/1‑150 (MQ=255) tGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTaaa > 1:336279/1‑150 (MQ=255) tGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTaaa > 1:2152894/1‑150 (MQ=255) cAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGaa < 2:2440199/150‑1 (MQ=255) cAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGaa > 1:2603319/1‑150 (MQ=255) gAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCTCTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAAtt < 2:441148/150‑1 (MQ=255) aaaTGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTc < 2:2277935/150‑1 (MQ=255) gTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCtt > 1:2994737/1‑150 (MQ=255) tCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTa < 2:1969553/150‑1 (MQ=255) cTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTAt < 1:187852/150‑1 (MQ=255) cTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTAt < 2:4415636/150‑1 (MQ=255) aaTATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCaa > 1:1477102/1‑150 (MQ=255) aaTATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCaa < 1:3467/150‑1 (MQ=255) atatCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCaaa > 2:1306050/1‑150 (MQ=255) tatCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAAt < 1:3057800/150‑1 (MQ=255) tatCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAAt < 1:4075427/150‑1 (MQ=255) tatCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAAt > 2:4375751/1‑150 (MQ=255) atCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATc < 1:3343643/150‑1 (MQ=255) atCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATc < 2:277729/150‑1 (MQ=255) tCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCa < 1:4305633/150‑1 (MQ=255) aaTTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCAtt < 1:5051084/150‑1 (MQ=255) tCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTAcc < 1:538429/150‑1 (MQ=255) gAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAg > 1:2046666/1‑150 (MQ=255) gAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAg > 1:896981/1‑150 (MQ=255) aaGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGa > 2:1078642/1‑150 (MQ=255) aaGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGa > 1:5088814/1‑150 (MQ=255) tATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAata > 2:2135782/1‑150 (MQ=255) aTTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAatat < 1:3546249/150‑1 (MQ=255) aTTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAatat < 1:4062566/150‑1 (MQ=255) tttCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAAtata > 1:1943267/1‑150 (MQ=255) tCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATataat < 2:576957/150‑1 (MQ=255) aaTACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATAc < 1:447190/150‑1 (MQ=255) aTACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATAcc > 2:4816890/1‑150 (MQ=255) aTACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATAcc > 2:2252124/1‑150 (MQ=255) aTACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATAcc > 2:4692429/1‑150 (MQ=255) tACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCa < 2:1093007/150‑1 (MQ=255) gaCGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTTGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTAGCTTATAAAATCATTACCAGAATATAATAACaaaaaa > 2:1476100/1‑148 (MQ=255) cGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATAtt > 1:4816343/1‑150 (MQ=255) gCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTg > 1:3969330/1‑150 (MQ=255) gCTTAACCCAAAAAAAAAGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTg > 2:559042/1‑150 (MQ=255) cTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGa < 1:1936848/150‑1 (MQ=255) cTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGa > 2:4007152/1‑150 (MQ=255) cAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATtagtag > 2:4962238/1‑150 (MQ=255) cAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAg > 2:4962298/1‑150 (MQ=255) cAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAg > 1:4722586/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaaTGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACAAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAga > 2:4441287/1‑149 (MQ=255) tCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAAt > 1:876109/1‑150 (MQ=255) acacacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCa > 1:3175904/1‑150 (MQ=255) cacacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCAt < 1:1682603/150‑1 (MQ=255) cacacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCAt < 1:4255473/150‑1 (MQ=255) acacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCAtt > 1:3387828/1‑150 (MQ=255) acacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCAtt < 2:1092364/150‑1 (MQ=255) cacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTg < 1:1108261/150‑1 (MQ=255) cacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTg < 1:4483853/150‑1 (MQ=255) cacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTg < 1:4155284/150‑1 (MQ=255) cacGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTg < 1:1108213/150‑1 (MQ=255) tAAAGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAg < 1:291412/150‑1 (MQ=255) aaaGAGGCCACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGa > 1:4933450/1‑150 (MQ=255) cACTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGt < 2:701637/150‑1 (MQ=255) tcTGCCTAATTATAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTa < 2:1310703/149‑1 (MQ=255) cTGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTAc < 1:4964710/150‑1 (MQ=255) tGCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTAACAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACt > 1:3237449/1‑150 (MQ=255) gCCTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATCTTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACtt > 2:4390509/1‑150 (MQ=255) ccTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACttt > 2:4266881/1‑150 (MQ=255) ccTAATTAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACttt < 1:4073623/150‑1 (MQ=255) aaTAAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACTTTTaa < 1:2942271/150‑1 (MQ=255) | TTAAAGCCTTTACGACACTCTCCCGATACAATAAAATTCAAACATGGGCAGAAATGTCTGAATATCAATTCGAAGTATTTCAATACGAGACGCTTAACCCAAAAAAAATGTCACACACGCCTTATTTAAAGAGGCCACTGCCTAATGAAAAAGATATAAATTATGGGGTGGAAATAGAAATACCATCTGGTAAAAGAATTCGCTTATCAAATCATTACCAGAATATAATACCATAATATTGATTATTAGCACTTTATAATCATTGAATAAAAATAGATTTTATGTACTTTTAA > CP009273/3646838‑3647130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |