| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,664,901 | C→A | 13.4% | A118A (GCG→GCT) | yhjB ← | putative DNA‑binding transcriptional response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,664,901 | 0 | C | A | 13.4% | 765.0 / 66.7 | 251 | A118A (GCG→GCT) | yhjB | putative DNA‑binding transcriptional response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (81/136); new base A (20/14); total (101/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
ATATTCAGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCGCCAACGCAAATGTCTCGACGGTTGAATCACGAGGCACAATGGCCAGCACATTAAAATGGATAACTTCCTGTAACCACCGTTTATTGCAATCCGTCGCCGTAATTAACACCTTAACCTCAGGAAATTGCACCAC > CP009273/3664752‑3665050 | atTCAGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATagc < 2:1392767/150‑1 (MQ=255) ttCAGCGCTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATcgcc > 2:506918/1‑150 (MQ=255) cgcTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACt > 1:3539941/1‑150 (MQ=255) gcTCTGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATAGCCGCACTa > 2:4068670/1‑150 (MQ=255) ctctGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTAt < 1:2293127/150‑1 (MQ=255) ctGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTAttt < 1:4255044/150‑1 (MQ=255) ctGCCGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTAttt < 2:4167089/150‑1 (MQ=255) cGATCTCCTTATTTGATTCGCCCGCCGCTAACATGGTTAAAATCTCCCGCTGGCGGGCGCTTAACGATTTGAGATCTTTAATGTCCTTTTCCGGCGTCGTCCGCCAGTCTCCAGGCAGAAACATCATCCCCATCGCCGCACTATTTACCg < 2:4175788/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |