Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,755,723 | G→T | 100% | E61* (GAA→TAA) | rhsA → | Rhs family protein, putative polymorphic toxin; putative polysaccharide synthesis/export protein; putative neighboring cell growth inhibitor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,755,723 | 0 | G | T | 95.7% | 208.3 / 4.1 | 92 | E61* (GAA→TAA) | rhsA | Rhs family protein, putative polymorphic toxin; putative polysaccharide synthesis/export protein; putative neighboring cell growth inhibitor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base T (53/35); total (55/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTGCGCATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTGAAACCGACATCGCCCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATCCTCTCCCGCAC > CP009273/3755577‑3755772 | tGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTGCGCATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTTaaa > 2:1722700/1‑150 (MQ=21) tGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTGCGCATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTTaaa > 1:1553616/1‑150 (MQ=21) tGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTGCGCATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTTaaa > 1:1553745/1‑150 (MQ=21) gACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTGCGCATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAGAGGTCCTTCCCGGTTAAAc > 2:3256385/1‑150 (MQ=21) 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tGCGCATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTTAAACCGACATCGCCCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATCCTCTccc < 2:3132662/150‑1 (MQ=18) tGCGCATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTTAAACCGACATCGCCCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATCCTCTccc > 1:2060039/1‑150 (MQ=18) tGCGCATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTTAAACCGACATCGCCCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATCCTCTccc < 2:4947121/150‑1 (MQ=18) tGCGCATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTTAAACCGACATCGCCCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATCCTCTccc < 2:2580839/150‑1 (MQ=18) gcgcATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTTAAACCGACATCGCCCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATCCTCTCCCg > 1:2134502/1‑150 (MQ=17) gcgcATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTTAAACCGACATCGCCCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATCCTCTCCCg > 1:2134670/1‑150 (MQ=17) cATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTTAAACCGACATCGCCCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATCCTCTCCCGCAc < 2:2462019/150‑1 (MQ=11) cATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTTAAACCGACATCGCCCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATCCTCTCCCGCAc < 2:1806791/150‑1 (MQ=11) | TGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTGCGCATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTGAAACCGACATCGCCCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATCCTCTCCCGCAC > CP009273/3755577‑3755772 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |