| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC JC | CP009273 | 1,427,903 | IS3 (–) +3 bp | 15.1% | coding (27‑29/591 nt) | pinR ← | Rac prophage; putative site‑specific recombinase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1089701 = | NA (NA) | 24 (0.110) | 18/276 | NT | NA | noncoding (1258/1258 nt) | IS3 | repeat region |
| ? | CP009273 | = 1427905 | NA (NA) | coding (27/591 nt) | pinR | Rac prophage; putative site‑specific recombinase | |||||
| * | ? | CP009273 | = 1090958 | NA (NA) | 26 (0.120) | 21/276 | NT | 14.8% | noncoding (1/1258 nt) | IS3 | repeat region |
| ? | CP009273 | 1427903 = | 146 (0.660) | coding (29/591 nt) | pinR | Rac prophage; putative site‑specific recombinase | |||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
ACCAGGACGCTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAACC > CP009273/1427776‑1428049 | aGGACGCTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCgag < 1:1404945/149‑1 (MQ=32) ggACGCTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCgaga > 1:1644538/1‑149 (MQ=32) ggACGCTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAAATCgaga > 1:1643989/1‑149 (MQ=17) gaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaATCCGACAGTAAGCAAAAATTCgaga > 1:3632854‑M2/124‑149 (MQ=255) gCTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATa < 2:424179/149‑1 (MQ=32) cTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAg < 2:4368402/149‑1 (MQ=32) tGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTgaga < 1:194031/149‑1 (MQ=32) ggTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGAc < 2:2701898/149‑1 (MQ=32) ggTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGAc > 2:1378948/1‑149 (MQ=32) atgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGActc < 2:3489187‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgctgAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCtat > 2:904738/1‑149 (MQ=32) tgctgAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCtata > 2:1000327/1‑149 (MQ=32) tgctgAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCtata < 1:934623/149‑1 (MQ=32) gAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGaa > 2:4187209/1‑149 (MQ=32) aGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGaaa < 2:3328710/149‑1 (MQ=32) gCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAAt < 2:2166915/149‑1 (MQ=32) gCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTgg > 2:2388133/1‑149 (MQ=32) gCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTgg < 1:2423492/149‑1 (MQ=32) tAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGgtg > 2:4394284/1‑149 (MQ=32) aaTGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGgtgt < 1:1114780/149‑1 (MQ=32) aTGTTTTCTTCGATTATTTGCTTAGTTTTGATTTTAAAACCTGCAATTTCGATTTCCCGGCTTTGATTTTCTGTTGTCTTATACATCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGtt > 2:2029603/1‑149 (MQ=11) tgtgTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATACGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGtta > 1:3436339/1‑148 (MQ=17) tgtTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTtcat > 1:822935/1‑149 (MQ=32) tgtTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTtcat > 1:822920/1‑149 (MQ=32) ttcttcGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTtcatat < 2:1818143/149‑1 (MQ=32) ttcttcGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTAGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTtcatat > 2:3597850/1‑149 (MQ=17) tggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTtcatatc < 2:3031080‑M2/62‑1 (MQ=255) tcttcGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTtcatatc < 1:1348043/149‑1 (MQ=32) cttcGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTtcatatca > 2:3832454/1‑149 (MQ=32) cttcGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTtcatatca > 2:2065124/1‑149 (MQ=32) tcGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTTGTGTtcatatcata > 2:1268334/1‑149 (MQ=17) cGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATaa < 2:1774334/149‑1 (MQ=32) cGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATaa < 2:3507648/149‑1 (MQ=32) cGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATaa < 2:3507719/149‑1 (MQ=32) cGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATaa < 2:3150295/149‑1 (MQ=32) cGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATaa < 2:3769258/149‑1 (MQ=32) ttattTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTTGTGTTCATATAATAATGc > 1:3814080/1‑149 (MQ=17) ttattTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATGTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGc < 2:585313/149‑1 (MQ=17) tactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGc < 1:2086649‑M2/69‑1 (MQ=255) tactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGc < 1:2086098‑M2/69‑1 (MQ=255) tGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCAtctc < 2:2571827/149‑1 (MQ=32) gCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCa > 1:3123794/1‑149 (MQ=32) gCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCa < 2:1046899/149‑1 (MQ=32) tGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATACGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATAAGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGa > 1:1966694/1‑149 (MQ=17) 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gtggtCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATa > 1:1031581/1‑149 (MQ=32) tggtCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATaa > 1:2261689/1‑149 (MQ=32) tggtCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATaa < 2:1397138/149‑1 (MQ=32) ggtCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATaaa < 2:3878855/149‑1 (MQ=32) tGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGaa < 1:2529583/149‑1 (MQ=32) 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aGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTa > 2:1904124/1‑149 (MQ=32) gCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTAt < 2:2652698/149‑1 (MQ=32) gCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTAt < 2:310734/149‑1 (MQ=32) gTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGc > 1:3780874/1‑149 (MQ=32) agatcaATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGc > 2:2458968‑M2/7‑149 (MQ=255) atatCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAAcc > 1:3922923/1‑149 (MQ=32) | ACCAGGACGCTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAACC > CP009273/1427776‑1428049 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |