New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | CP009273 | 1716873 = | 205 (0.910) | 3 (0.010) | 3/254 | NT | 1.5% | coding (496/2013 nt) | ydhK | putative efflux protein (PET) component of YdhJK efflux pump |
? | CP009273 | = 1716869 | 193 (0.930) | coding (492/2013 nt) | ydhK | putative efflux protein (PET) component of YdhJK efflux pump | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
CGAATAACGTCGCGTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAGGGGTGA > CP009273/1716721‑1717017 | cGAATAACGTCGCGTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCggcggc > 1:3356663/1‑149 (MQ=255) gAATAACGTCGCGTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCa < 1:41351‑M2/149‑2 (MQ=255) aCGTCGCGTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCatgatg < 2:56909‑M2/149‑7 (MQ=255) aCGTCGCGTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCatgatg < 1:4111530‑M2/149‑7 (MQ=255) gTCGCGTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCatgatgat > 2:3579183‑M2/1‑141 (MQ=255) tCGCGTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCatgatgatg < 1:3842654‑M2/149‑10 (MQ=255) cgcgTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCatgatgatga > 1:4163996‑M2/1‑139 (MQ=255) gTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCAtgatgatgatga < 2:2413649/149‑1 (MQ=255) 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cTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGAGATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTCATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAg > 2:2047323/1‑149 (MQ=255) tGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGt > 1:620080/1‑149 (MQ=255) tGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGt > 1:3849060/1‑149 (MQ=255) tGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGt < 1:3048864/149‑1 (MQ=255) ggCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGtt > 2:2538526/1‑149 (MQ=255) 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gTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTgca > 2:372439/1‑149 (MQ=255) gTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTgca > 2:136009/1‑149 (MQ=255) tATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTgcag > 1:3046994/1‑149 (MQ=255) ttttGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTgcagca > 1:2226822/1‑149 (MQ=255) tttGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGcac < 2:3528071/149‑1 (MQ=255) tttGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGcac < 2:3525461/149‑1 (MQ=255) gcggcgGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGaa > 1:2825520/1‑149 (MQ=255) ggcggcATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAgg > 2:533959/1‑149 (MQ=255) gcggcATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAggg > 1:796458/1‑149 (MQ=255) gcggcATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAggg < 1:1536105/149‑1 (MQ=255) cggcATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAgggg < 2:3661322/149‑1 (MQ=255) ggcATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAGGGGt < 2:4029303/149‑1 (MQ=255) | CGAATAACGTCGCGTATGCATTTCAACTGGCGGGCTACACGGCTGCCATCATCGCCTTTCCGATGGTTAATATTACTGAGGCCAGCCAGCTGTGGGATATCGCTCAGGCGCGCGTTTGCGAGGTAATAGTCGGTATTTTGTGCGGCGGCATGATGATGATGATCCTGCCGAGCAGTTCCGATGCTACTGCCCTTTTAACCGCATTGAAAAACATGCACGCCCGATTACTGGAACATGCCAGTTTACTCTGGCAGCCTGAAACAACCGATGCCATTCGTGCAGCACATGAAGGGGTGA > CP009273/1716721‑1717017 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |