Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,985,173 | A→T | 6.6% | intergenic (‑73/+123) | yecA ← / ← leuZ | UPF0149 family protein/tRNA‑Leu |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,985,173 | 0 | A | T | 6.6% | 719.2 / 6.7 | 218 | intergenic (‑73/+123) | yecA/leuZ | UPF0149 family protein/tRNA‑Leu |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (103/92); new base T (2/19); total (105/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTATCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGTGGCTTTGCTGGTGATTAAAAATTAAGGAGGGTGTAACGACAAGTTGCAGGCACAAAAAAACCACCCGAAGGTGGTTTCACGACACTGCTTATTGCTTTGATTTTATTCTTATCTTTCCCATGGTACCCGGAGCGGGACTTG > CP009273/1985026‑1985316 | gTGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTATCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAg < 1:3241826/149‑1 (MQ=255) tGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTATCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGt < 1:3836510/149‑1 (MQ=255) tGGTCAGTGTTGTATTTGGTCAGAATATCGTCCAGCCATTCCAACTCACTTTCGTTTAACGGTCCCGTTTTCATACGCTTTTCCTTGTGGATCTCAACTCGCCAGCACCTATCTTACATGCCGGTCCGTATCAGAGATACTTTTTGAGt < 1:4416221/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |