| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 376716 = | NA (NA) | 29 (0.100) | 21/276 | NT | 9.7% | intergenic (‑1/‑91) | yaiX/insC1 | pseudogene, interrupted by IS2A, acetyltransferase homolog; nonfunctional; interruped by IS2; putative transferase/IS2 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 386403 | 271 (0.910) | pseudogene (697/1458 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family;putative structure; Not classified; interrupted by IS3; putative flagellin structural protein | |||||
CTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/376854‑376716‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGCT < CP009273/386403‑386257 CTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGT > 1:4473750/1‑149CTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGT > 1:4473588/1‑149 CCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTT < 2:2265916/149‑1 GTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGT > 2:2877553/1‑149 TCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCT > 1:1472866/1‑149 CCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGA < 2:3751445/149‑1 AGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATG > 1:16921/1‑149 AGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATG > 1:16913/1‑149 ATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCA > 1:3777494/1‑149 TCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAA < 1:4207550/149‑1 TCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAA < 1:4956013/149‑1 TCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAA < 1:4956574/149‑1 GTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGC > 2:2845453/1‑149 GTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGC > 2:2845295/1‑149 AATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTT < 2:3592814/149‑1 GTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAA > 1:2866513/1‑149 AACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGAT < 1:4878002/149‑1 ACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATG < 2:4793047/149‑1 TTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTT < 1:1071430/149‑1 ACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGA < 2:3591403/149‑1 TTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATT < 2:1376099/149‑1 AGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCA < 2:1604293/149‑1 GGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGGAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATC < 2:3128376/149‑1 TTCAGGGGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATG < 2:3996508/149‑1 GGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCAT < 2:4473588/149‑1 GGGCCAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCAT < 2:4473750/149‑1 CAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGT > 1:814844/1‑149 CAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGT > 1:4271835/1‑149 CAGTCTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGT > 1:3414199/1‑149 CTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTACGTATTAACTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAACTATTGATGTTACTTTCTACTTCATGATTAACAGCAACGCCTTCAGTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGC > 2:1198554/1‑149 CTAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGC < 1:4771477/149‑1 TAATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGCT < 2:4540913/149‑1 CTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/376854‑376716‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTCGGTAGTGTAGGTTTCGTTGTAAGTATTACCTTGAGATAATGCAATACCTGCAACGCGGGAGTTATTGGAAATATTGATGTTACTTTCTACATCAAGATTAACAGCAACGCCTTCACTTGTATCAAATGTCTCATTTGTGTGCT < CP009273/386403‑386257 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |