Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 511,415 | G→A | 8.0% | G14E (GGA→GAA) | fetA → | iron exporter, ATP‑binding subunit, ABC transporter FetAB subunit; peroxide resistance protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 511,415 | 0 | G | A | 8.0% | 1036.7 / 54.1 | 299 | G14E (GGA→GAA) | fetA | iron exporter, ATP‑binding subunit, ABC transporter FetAB subunit; peroxide resistance protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (148/127); new base A (8/16); total (156/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.85e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
ATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTCCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGCTGCGTGCTGGCGAATTTAAGTTAATTACCGGTCCTTCTGGTTGTGGCAAAAGTACGCTGCTAAAAATAGTTGCTTCATTGATCAGCCCAACCAGCGGAACG > CP009273/511268‑511563 | aTTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTCCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGa > 1:1091833/1‑149 (MQ=255) aTTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTCCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGa > 1:2247377/1‑149 (MQ=255) gctgctTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTCCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGatat > 1:192871/1‑149 (MQ=255) 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agTTCCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAAttttt > 1:5204787/1‑149 (MQ=255) agTTCCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAAttttt < 1:5117257/149‑1 (MQ=255) tCCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGc < 1:2040941/149‑1 (MQ=255) cccccTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGCt < 1:4121759/149‑1 (MQ=255) tATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGCTGCGTGc > 2:5161024/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |