| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 513,720 | T→C | 15.0% | I6V (ATT→GTT) | ybbN ← | DnaK co‑chaperone, thioredoxin‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 513,720 | 0 | T | C | 15.0% | 618.9 / 92.9 | 227 | I6V (ATT→GTT) | ybbN | DnaK co‑chaperone, thioredoxin‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (100/93); new base C (12/22); total (112/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.42e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
GCCCGTTGTACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATATTTTCTACGGACATGGAGTCGCTCTCTGTTGTCGATATTTTCTTTGACATGGGGGCTTAAGCGCGCGCTTCAACTCACCCCTGCAATATTTTGTCCATCACGCGCCCCGGCAGCAGGCGCTTAAGCACCATTACCGCCCAGGTCA > CP009273/513573‑513866 | cccGTTGTACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAacat > 2:2227100/1‑149 (MQ=255) cccGTTGTACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCGACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAatat < 2:2485718/149‑1 (MQ=255) cGTTGTACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATAttt < 2:2354133/149‑1 (MQ=255) ttGTACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATATTTTc < 2:1756677/149‑1 (MQ=255) gTACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATATTTTCTa > 1:5113779/1‑149 (MQ=255) tACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAACATTTTCTAc < 2:4633560/149‑1 (MQ=255) tACTGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAACATTTTCTAc > 1:3167235/1‑149 (MQ=255) tGCGCCGCGAGGCTTTCCAGAATTGGGGTTAACTGCAAACAGTGCTGGCTACGTTCAGACCAAAAATAGAACAGCACCGGAGTGGTCATCGACTGTTCAAGAACCTGTTGCAGGTTAGATTCGTTAATGTTGACAATATTTTCTACGGa > 1:715548/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |