| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 565,317 | G→A | 5.4% | A320A (GCG→GCA) | ybcK → | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 565,317 | 0 | G | A | 5.4% | 1220.4 / 35.0 | 332 | A320A (GCG→GCA) | ybcK | DLP12 prophage; putative recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (166/148); new base A (5/13); total (171/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 334 total aligned reads displayed.
CATATCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGTATCTGGAAGTTTGCATGGCTATTATGTTTGTCCGATGAGAAGATTACATCGATGTGACAGGCCATCAATAAAAAGAGATTTGGTTGATTATAATATCATTAATGAATTGCTTTTTAATTGTAGCAAAATTCAACCAGTTGAAAACA > CP009273/565170‑565465 | cATATCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCgg > 2:1459597/1‑149 (MQ=255) atatCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGt < 2:3121222/149‑1 (MQ=255) atatCAGATGATTTGTTTTACGCTGTACAGGAAATTCGGTTGGCACCTTTTGGTATTAGCAATAGTAGCAAGAATCCTATGCTAATAAATCTACTTCGAACAGTTATGAAGTGTGAGGCTTGTGGTAATACCATGATTGTTCATGCGGt > 1:4132947/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |