| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 651,752 | 0 | G | A | 5.6% | 902.4 / 27.6 | 250 | intergenic (‑328/‑261) | dcuC/pagP | anaerobic C4‑dicarboxylate transport/phospholipid:lipid A palmitoyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (113/123); new base A (6/8); total (119/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TATCACATAATAATGTGTGCAAATTGATGGTGGATTGATGCAAATTTGTTAATTGCAATGGTGTTAGCTGCGGCTGTGCGCTCAAAAAATAATCTAATATGAGCATAGGTTGACGATATATATTATATACTTCGTTAAGATGATTGTTGTATCTCGTTAAAAAATAAAATAATTTTTCCTTGATTGCATTTTGTCATCAAAAAAGACTTGGTTTTTCTTTTTTGACTATTCCCATCGCAGAAAACGACGCATCATCTTTAATCGATGCGCGGAAATATTTAACTTGAACAAGCGGAA > CP009273/651604‑651900 | aTCACATAATAATGTGTGCAAATTGATGGTGGATTGATGCAAATTTGTTAATTGCAATGGTGTTAGCTGCGGCTGTGCGCTCAAAAAATAATCTAATATGAGCATAGGTTGACGATATATATTATATACTTCGTTAAGATGATtgttgt < 1:1686485/149‑1 (MQ=255) tCACATAATAATGTGTGCAAATTGATGGTGGATTGATGCAAATTTGTTAATTGCAATGGTGTTAGCTGCGGCTGTGCGCTCAAAAAATAATCTAATATGAGCATAGGTTGACGATATATATTATATACTTCGTTAAGATGATTGTTGTa < 1:3004678/149‑1 (MQ=255) ataataATGTGTGCAAATTGATGGTGGATTGATGCAAATTTGTTAATTGCAATGGTGTTAGCTGCGGCTGTGCGCTCAAAAAATAATCTAATATGAGCATAGGTTGACGATATATATTATATACTTCGTTAAGATGATTGTTGTAtctc < 2:2829776/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |