Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 672,092 | C→T | 7.6% | intergenic (‑89/‑75) | ybeQ ← / → ybeR | Sel1 family TPR‑like repeat protein/uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 672,092 | 0 | C | T | 7.6% | 951.2 / 46.7 | 275 | intergenic (‑89/‑75) | ybeQ/ybeR | Sel1 family TPR‑like repeat protein/uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (136/118); new base T (10/11); total (146/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.47e-01 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
CACGTTCGATAATCTCATCTATTGATAAATTATCGCAGCAACTTGACGTGAAAATCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGAAAAGTATAAATAAACGAGCCTCGCAATGCGGCTAATATTCATTTAATGAATATTTAAGGATAAATTATATGGACATGGAGTCGCAAAAAATATTGTTTGCACTTTCCACTCCGATGGAAATACGCAATGAATGCTGTTTACC > CP009273/671946‑672240 | ttCGATAATCTCATCTATTGATAAATTATCGCAGCAACTTGACGTGAAAATCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGa > 2:2946654/1‑149 (MQ=255) tCGATAATCTCATCTATTGATAAATTATCGCAGCAACTTGACGTGAAAATCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGTGTCAGaa > 1:1028196/1‑149 (MQ=255) cGATAATCTCATCTATTGATAAATTATCGCAGCAACTTGACGTGAAAATCATTATCATTTCCTTATGGTTGCAGATAAAACATATTATATTTTTATGTGTTCCATTTTTGCGTAAGCCTTATTTTATGCGTATTATGTCGCGTCAGaaa > 1:3503278/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |