| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 738,149 | G→A | 5.1% | intergenic (‑137/‑134) | dtpD ← / → ybgI | dipeptide and tripeptide permease D/NIF3 family metal‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 738,149 | 0 | G | A | 5.1% | 1075.0 / 28.9 | 293 | intergenic (‑137/‑134) | dtpD/ybgI | dipeptide and tripeptide permease D/NIF3 family metal‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (151/125); new base A (4/11); total (156/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
GTGTTTATTCATAATAATTCCACAATTGACGGCAACGTCACGTAATAGTTGCGCGGCGTGCTTGTGTTTCCTTAAAGTTAAAACTTTGATACAGATCTGATTATTTATGCAATATGCTGTCTGATTGCATAAATATACATTAGCTGAAGCGTGATGATATAAACAATTTGCGTCTTTTGGCGTCGGGTTTGTTTCTTAATATGTCAAAAGATTGGCTATCGACGAACTGGCGAGGTAACGCTATGTTAACGGTGTAGCTATCAGAATACGGAAGGCGCGAAGATGAAAAACACCGAA > CP009273/738001‑738297 | gtgtTTATTCATAATAATTCCACAATTGACGGCAACGTCACGTAATAGTTGCGCGGCGTGCTTGTGTTTCCTTAAAGTTAAAACTTTGATACAGATCTGATTATTTATGCAATATGCTGTCTGATTGCATAAATATACATTAGCTGAAg > 1:4576921/1‑149 (MQ=255)gtgtTTATTCATAATAATTCCACAATTGACGGCAACGTCACGTAATAGTTGCGCGGCGTGCTTGTGTTTCCTTAAAGTTAAAACTTTGATACAGATCTGATTATTTATGCAATATGCTGTCTGATTGCATAAATATACATTAGCTGAAg > 2:2197326/1‑149 (MQ=255) tgtTTATTCATAATAATTCCACAATTGACGGCAACGTCACGTAATAGTTGCGCGGCGTGCTTGTGTTTCCTTAAAGTTAAAACTTTGATACAGATCTGATTATTTATGCAATATGCTGTCTGATTGCATAAATATACATTAGCTGAAGc < 2:2863382/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |