Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 760,181 | G→T | 16.0% | P182P (CCG→CCT) | sucD → | succinyl‑CoA synthetase, NAD(P)‑binding, alpha subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 760,181 | 0 | G | T | 16.0% | 1005.5 / 138.8 | 318 | P182P (CCG→CCT) | sucD | succinyl‑CoA synthetase, NAD(P)‑binding, alpha subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (128/139); new base T (29/22); total (157/161) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
AAAATCGGTATCCAGCCTGGTCACATTCACAAACCGGGTAAAGTGGGTATCGTTTCCCGTTCCGGTACACTGACCTATGAAGCGGTTAAACAGACCACGGATTACGGTTTCGGTCAGTCGACCTGTGTCGGTATCGGCGGTGACCCGATCCCGGGCTCTAACTTTATCGACATTCTCGAAATGTTCGAAAAAGATCCGCAGACCGAAGCGATCGTGATGATCGGTGAGATCGGCGGTAGCGCTGAAGAAGAAGCAGCTGCGTACATCAAAGAGCACGTTACCAAGCCAGTTGTGG > CP009273/760035‑760329 | aaaaTCGGTATCCAGCCTGGTCACATTCACAAACCGGGTAAAGTGGGTATCGTTTCCCGTTCCGGTACACTGACCTATGAAGCGGTTAAACAGACCACGGATTACGGTTTCGGTCAGTCGACCTGTGTCGGTATCGGCGGTGACCCGAt < 2:4139479/149‑1 (MQ=255) aaaaTCGGTATCCAGCCTGGTCACATTCACAAACCGGGTAAAGTGGGTATCGTTTCCCGTTCCGGTACACTGACCTATGAAGCGGTTAAACAGACCACGGATTACGGTTTCGGTCAGTCGACCTGTGTCGGTATCGGCGGTGACCCGAt < 2:1265669/149‑1 (MQ=255) aaTCGGTATCCAGCCTGGTCACATTCACAAACCGGGTAAAGTGGGTATCGTTTCCCGTTCCGGTACACTGACCTATGAAGCGGTTAAACAGACCACGGATTACGGTTTCGGTCAGTCGACCTGTGTCGGTATCGGCGGTGACCCGATcc < 2:2182292/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |