Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 955,629 | 0 | T | A | 8.8% | 769.8 / 48.0 | 224 | intergenic (+78/‑91) | aroA/ycaL | 5‑enolpyruvylshikimate‑3‑phosphate synthetase/putative peptidase‑related chaperone |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/129); new base A (3/17); total (78/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.24e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
ATCCCAAATGCACGGCCAAAACATTTCCGGATTATTTCGAGCAGCTGGCGCGGATTAGCCAGGCAGCCTGAATGAACAACGGGCAATAAATAGCCAAATCTTTCTTTATCAAAACGTCGGCACATTGTCGGCGTTTTTTTTCGGACCTTGTGAGTCATTTTGATTAATGGTAGCGTCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACATAATATTTATATATGATTAATCAACGGATGATTCACATGAAGAATACTAAATTACTGCTGGCGATTGCGACCTCTGCAGCATTACTGACAGGGT > CP009273/955481‑955777 | aTCCCAAATGCACGGCCAAAACATTTCCGGATTATTTCGAGCAGCTGGCGCGGATTAGCCAGGCAGCCTGAATGAACAACGGGCAATAAATAGCCAAATCTTTCTTTATCAAAACGTCGGCACATTGTCGGCGTTTTTTTTCGGACCtt > 1:3792125/1‑149 (MQ=255) tCCCAAATGCACGGCCAAAACATTTCCGGATTATTTCGAGCAGCTGGCGCGGATTAGCCAGGCAGCCTGAATGAACAACGGGCAATAAATAGCCAAATCTTTCTTTATCAAAACGTCGGCACATTGTCGGCGTTTTTTTTCGGACCTtg < 2:1491196/149‑1 (MQ=255) tCCCAAATGCACGGCCAAAACATTTCCGGATTATTTCGAGCAGCTGGCGCGGATTAGCCAGGCAGCCTGAATGAACAACGGGCAATAAATAGCCAAATCTTTCTTTATCAAAACGTCGGCACATTGTCGGCGTTTTTTTTCGGACCTtg > 1:4768729/1‑149 (MQ=255) 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aCCTTGTGAGTCATTTTGATTAATGGTAGCGTCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACATAATATTTATATATGATTAATCAACGGATGATTCACATGAAGAATACTAAATTACTGCTGGCGATTGCGACCTCTGCAGCATTACTGACa < 2:1858191/149‑1 (MQ=255) attGTGAGTCATTTTGATTAATGGTAGCGTCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACATAATATTTATATATGATTAATCAACGGATGATTCACATGAAGAATACTAAATTACTGCTGGCGATTGCGACCTCTGCAGCATTACTGACAgg < 1:2311112/148‑1 (MQ=255) | ATCCCAAATGCACGGCCAAAACATTTCCGGATTATTTCGAGCAGCTGGCGCGGATTAGCCAGGCAGCCTGAATGAACAACGGGCAATAAATAGCCAAATCTTTCTTTATCAAAACGTCGGCACATTGTCGGCGTTTTTTTTCGGACCTTGTGAGTCATTTTGATTAATGGTAGCGTCGCTTGTCAATGTAAGTTGTTGATACATAATATTTATATATGATTAATCAACGGATGATTCACATGAAGAATACTAAATTACTGCTGGCGATTGCGACCTCTGCAGCATTACTGACAGGGT > CP009273/955481‑955777 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |