| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,197,027 | G→T | 13.7% | M25I (ATG→ATT) | ymfI → | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 1,197,027 | 0 | G | T | 13.7% | 999.0 / 114.0 | 306 | M25I (ATG→ATT) | ymfI | e14 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (122/142); new base T (26/16); total (148/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
GTGCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATGCTTAACTTTCTGTACCAGAAAACAGTTAAAGAGTCTGACGATAGCTGCTGCAGACTGATTCCAGAGGGATATATCCTCAAAAGTACAATGAACTGCCAACAAATCCTTGATCAAACATTTTCAATTGCTAACAGTGCCGGTGTTGACG > CP009273/1196879‑1197175 | tgCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATGc > 2:91541/1‑149 (MQ=255) tgCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATGc < 1:545661/149‑1 (MQ=255) tgCCTGTCTTTTCACCACTTCAGGCTCGGTGGTATGCTGGAGTTCTCACACAGCCAGCAAGCAAGGAAACTTAATGAACCAGTTTTATGTTCACGTTCGTCTATTTGAAGACACAGCCGAACAGACCAAAAAATTTGAAGAATTAATGc > 2:164974/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |