| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,197,734 | 0 | C | T | 6.3% | 1030.1 / 37.5 | 286 | R219K (AGA→AAA) | cohE | e14 prophage; repressor protein phage e14 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (149/119); new base T (11/7); total (160/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
TCGTACGTACCGGGCGGGCTACTTCGTGGGCGTCCTGCCTGTTTGTTGTTTCTCTTGGGTACATTATGTATCTCAAAGGTACATTGTCAAGTATAAAAAAACCTGCCGAAGCAGGTTCATAAACATTGATTAGGCTTTGATTTTGTATCTTCTTGGTTTTCCTGAGAAAATCACAGTACCAATTATAGAGCAATTACCGTTGATCTTAATGTAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGT > CP009273/1197586‑1197882 | tCGTACGTACCGGGCGGGCTACTTCGTGGGCGTCCTGCCTGTTTGTTGTTTCTCTTGGGTACATTATGTATCTCAAAGGTACATTGTCAAGTATAAAAAAACCTGCCGAAGCAGGTTCATAAACATTGATTAGGCTTTGATTTTGTAtc < 1:4161486/149‑1 (MQ=255)tCGTACGTACCGGGCGGGCTACTTCGTGGGCGTCCTGCCTGTTTGTTGTTTCTCTTGGGTACATTATGTATCTCAAAGGTACATTGTCAAGTATAAAAAAACCTGCCGAAGCAGGTTCATAAACATTGATTAGGCTTTGATTTTGTAtc < 1:1961174/149‑1 (MQ=255) gtacgtacCGGGCGGGCTACTTCGTGGGCGTCCTGCCTGTTTGTTGTTTCTCTTGGGTACATTATGTATCTCAAAGGTACATTGTCAAGTATAAAAAAACCTGCCGAAGCAGGTTCATAAACATTGATTAGGCTTTGATTTTGTAtctt < 2:3853714/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |