| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,215,174 | G→T | 14.3% | pseudogene (118/2648 nt) | ycgH → | pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,215,174 | 0 | G | T | 14.3% | 778.3 / 87.4 | 261 | pseudogene (118/2648 nt) | ycgH | pseudogene; putative ATP‑binding component of a transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (118/104); new base T (21/18); total (139/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |