| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,282,676 | A→G | 5.4% | noncoding (17/171 nt) | rttR ← | rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,282,676 | 0 | A | G | 5.4% | 699.2 / 7.8 | 213 | noncoding (17/171 nt) | rttR | rtT sRNA, processed from tyrT transcript |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (80/115); new base G (9/2); total (92/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-02 | |||||||||||
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Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGG > CP009273/1282529‑1282824 | gggggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCAACCATCCCCCCATGGGCAGAATATTTAATTGGGGTTTCGTTGGGac > 2:2078190/1‑148 (MQ=14) gggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTTGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGt < 1:4884119/149‑1 (MQ=255) ggAAGGAGTACTCAGCGCTGCGCGCGTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCTGTGGAGTGGTTCCTTGGTCGTTGCGTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGtt < 1:4465188/149‑1 (MQ=14) 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atGCGAGCTTCGCCCTTAGGGTCTTTGCCAGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGt < 1:4890773/148‑1 (MQ=255) gcgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCGGCAACCCGCACTCCCGGGCGCTCGAGTCGAACCGTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCCTGGGCCGCAAATTTAATTGCGGATTAGTTGGGCAGTTGAGGGTCTTTTGTAAGTGa > 2:4494603/1‑149 (MQ=14) ggttggCCCTGCGGGTGGTTGGGTGCGGGACTGGTGTCTCGCTGGGGGTCGTGTCGATCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggt < 1:2978941/144‑1 (MQ=17) gcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggt < 1:2538713/149‑1 (MQ=255) gcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggt < 1:4307655/149‑1 (MQ=255) 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atatTTAATTGCGGATTCGTTGGGACGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCC‑CGGGTAATTCAAAtt > 1:3043802/1‑149 (MQ=255) atTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAAtttt > 1:5072960/1‑149 (MQ=255) atTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAAtttt > 2:185228/1‑149 (MQ=255) tAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAg < 1:3956878/149‑1 (MQ=255) aTTGGGGTTTCGTTGGGTAGTTCTGTGTATTTTTATTGTGTTGGTGGTGTGTGAAGGTTTCTAACCTTCTAAGTCGATGACGTCTGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGTGAACCCGACCA‑GGGGTTTTTCAAATTTTGAGGt < 1:613020/149‑1 (MQ=12) 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aaGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGAtggtgg < 2:4481726/149‑1 (MQ=255) | GGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGG > CP009273/1282529‑1282824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |