| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,368,566 | T→G | 19.0% | F74V (TTC→GTC) | ycjP → | inner membrane putative ABC superfamily sugar transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,368,566 | 0 | T | G | 19.0% | 648.0 / 187.2 | 285 | F74V (TTC→GTC) | ycjP | inner membrane putative ABC superfamily sugar transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (115/116); new base G (29/25); total (144/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
GCTGTTTCCATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCAT > CP009273/1368418‑1368714 | gTTTCCATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTcc > 2:4796837/1‑149 (MQ=255) tCCATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTa < 1:1302882/149‑1 (MQ=255) tCCATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTa > 1:2820168/1‑149 (MQ=255) aTTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACa > 1:1008859/1‑149 (MQ=255) tttttGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGt < 2:4745631/149‑1 (MQ=255) tttGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCt < 1:699777/149‑1 (MQ=255) ttGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCtg > 1:786452/1‑149 (MQ=255) tgtgATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCtgg < 2:2332693/149‑1 (MQ=255) gtgATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCtggt > 1:3754279/1‑149 (MQ=255) tGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGgtggtg < 1:3794347/149‑1 (MQ=255) gCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGgtgt < 1:1369707/149‑1 (MQ=255) cTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTc < 1:1659799/149‑1 (MQ=255) gatgaCCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCtg > 1:2490100/1‑149 (MQ=255) atgaCCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCtgt < 1:4961243/149‑1 (MQ=255) tgaCCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCtgtg > 2:4312370/1‑149 (MQ=255) gaCCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTgg > 1:533975/1‑149 (MQ=255) aCCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGt < 2:2918621/149‑1 (MQ=255) aCCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGt > 2:5076948/1‑149 (MQ=255) cTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGttt > 1:2112429/1‑149 (MQ=255) tCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTc > 2:3137489/1‑149 (MQ=255) cGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCa < 1:4205011/149‑1 (MQ=255) gTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCAGTTTGTCGACTAATTCCGTAAAAGTCTGGTGGTTTATGTGGTTTCAt > 2:4826211/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATc < 2:2185206/149‑1 (MQ=255) tCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATcc > 1:3106072/1‑149 (MQ=255) aGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCgtg > 1:3266217/1‑149 (MQ=255) gggCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCgtgg > 1:2619170/1‑149 (MQ=255) ggCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCgtggt < 1:2763585/149‑1 (MQ=255) gcgcGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCgtggtg < 1:4735967/149‑1 (MQ=255) aaaGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGt > 1:649617/1‑149 (MQ=255) aaGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTa < 1:4690725/149‑1 (MQ=255) aaGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTa < 1:1751696/149‑1 (MQ=255) gagGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTAtt > 1:2306977/1‑149 (MQ=255) ggCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTcc > 1:3234922/1‑149 (MQ=255) 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aCTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTc < 1:39887/149‑1 (MQ=255) aCTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACGTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTc < 2:1074883/149‑1 (MQ=255) cTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCt < 2:1303803/149‑1 (MQ=255) cTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCt < 1:1881836/149‑1 (MQ=255) cTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCt < 1:2180123/149‑1 (MQ=255) tGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCtt < 2:2487947/149‑1 (MQ=255) tCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCtt < 1:4512915/145‑1 (MQ=255) ccTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGc < 1:362291/149‑1 (MQ=255) cTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCt > 2:2964577/1‑149 (MQ=255) cTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCt < 1:2954843/149‑1 (MQ=255) tgctgcCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTAcgcg > 2:4116403/1‑149 (MQ=255) tgcCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCtt > 1:2045509/1‑149 (MQ=255) gcCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCttt > 2:179386/1‑149 (MQ=255) gcagcaGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTccc < 1:2296484/149‑1 (MQ=255) gcagcaGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTccc < 1:1486774/149‑1 (MQ=255) 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actTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGc < 2:733090/149‑1 (MQ=255) ttCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCAt < 2:3949580/149‑1 (MQ=255) | GCTGTTTCCATTTTTTGTGATGCTGATGACCTCGTTCAAGGGCGCGAAAGAGGCGATCTCACTGCATCCTACGCTGCTGCCGCAGCAGTGGACGCTGGAGCATTACGTCGACATTTTTAACCCGATGATTTTCCCGTTTGTCGACTACTTCCGTAACAGTCTGGTGGTGTCTGTGGTTTCATCCGTGGTGGCGGTATTCCTCGGCATTCTTGGGGCTTACGCGCTTTCCCGCCTGCGCTTTAAAGGTCGGATGACCATCAACGCCAGCTTTTACACGGTGTATATGTTCTCTGGCAT > CP009273/1368418‑1368714 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |