Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,385,315 | C→A | 5.3% | A266S (GCA→TCA) | ycjY ← | S9 homolog non‑peptidase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 1,385,315 | 0 | C | A | 5.3% | 1251.3 / 35.8 | 319 | A266S (GCA→TCA) | ycjY | S9 homolog non‑peptidase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (167/135); new base A (7/10); total (174/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
TTGCGGATTTGAATATGTTTCATTACAGAGTTTCCTCAAAGAACGGAGCTAATACTGAAATTGCTTCAGCCACATAGGCTTTGCCGTCATAAAGATCCATATGGTTTGCGCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAACCCGG > CP009273/1385168‑1385462 | ttGCGGATTTGAATATGTTTCATTACAGAGTTTCCTCAAAGAACGGAGCTAATACTGAAATTGCTTCAGCCACATAGGCTTTGCCGTCATAAAGATCCATATGGTTTGCGCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCt < 2:657021/149‑1 (MQ=255) ttGCGGATTTGAATATGTTTCATTACAGAGTTTCCTCAAAGAACGGAGCTAATACTGAAATTGCTTCAGCCACATAGGCTTTGCCGTCATAAAGATCCATATGGTTTGCGCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCt < 2:1122410/149‑1 (MQ=255) tGCGGATTTGAATATGTTTCATTACAGAGTTTCCTCAAAGAACGGAGCTAATACTGAAATTGCTTCAGCCACATAGGCTTTGCCGTCATAAAGATCCATATGGTTTGCGCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGATc < 2:124947/149‑1 (MQ=255) 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tATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCaaa < 2:4181235/149‑1 (MQ=255) aTCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAg > 2:1540260/1‑149 (MQ=255) tCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGt > 1:1712026/1‑149 (MQ=255) cTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAg < 2:568625/149‑1 (MQ=255) cTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAg < 2:3313021/149‑1 (MQ=255) cTGGCTTGATGCTAGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGATCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGTCTGCGCAAAGTAg > 1:2300107/1‑149 (MQ=255) tGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGc > 1:4015926/1‑149 (MQ=255) ggCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCg > 2:1846204/1‑149 (MQ=255) ggCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCg > 2:1729444/1‑149 (MQ=255) ggCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCAGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCg > 1:3112365/1‑149 (MQ=255) ttGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTaa > 1:74407/1‑149 (MQ=255) gATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAAcc > 2:3950362/1‑149 (MQ=255) gATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCGGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAAcc < 1:4799637/149‑1 (MQ=255) aTGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAAccc < 1:5035619/149‑1 (MQ=255) gCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAACCCgg > 1:3638279/1‑149 (MQ=255) gCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAACCCgg < 1:2938182/149‑1 (MQ=255) gCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAACCCgg < 2:4242245/149‑1 (MQ=255) | TTGCGGATTTGAATATGTTTCATTACAGAGTTTCCTCAAAGAACGGAGCTAATACTGAAATTGCTTCAGCCACATAGGCTTTGCCGTCATAAAGATCCATATGGTTTGCGCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAACCCGG > CP009273/1385168‑1385462 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |