| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,413,956 | G→T | 10.7% | intergenic (‑243/+66) | ydaG ← / ← racR | Rac prophage; uncharacterized protein/Rac prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 1,413,956 | 0 | G | T | 10.7% | 1123.7 / 71.2 | 309 | intergenic (‑243/+66) | ydaG/racR | Rac prophage; uncharacterized protein/Rac prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (136/137); new base T (12/24); total (148/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
TTAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGACAGCAGAAAGTGATGGGGGGGTTAAATAACGGAATCCAGGAGTTTTCCGTCAGACCATATAAGTTTAAGTTCCAGTTTTTGTGATGTTCTGGCTTTTCCGTTCAGATTCAAGAGCTTTCAGATACTTACCCACTTTCATTTCCAT > CP009273/1413808‑1414102 | tAACCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGa > 1:3488220/1‑149 (MQ=255) aaCCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGAc > 1:4975431/1‑149 (MQ=255) aaCCCCTTACCACTGCCTGGTAACTCGAAGTATTGCCCGGCGTTCTGTGGGGCGGGGTGGGTGGTATGCTGGAACTATAGGTAATGCCTAATTGATTGTCAATAGGCTATGCCTAATGTTTTGAGCGTAACCTAATAGGTGATGGCGAc > 1:1841003/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |