Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,418,325 | A→T | 5.6% | E96V (GAA→GTA) | trkG → | Rac prophage; potassium transporter subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,418,325 | 0 | A | T | 5.6% | 1192.3 / 46.1 | 324 | E96V (GAA→GTA) | trkG | Rac prophage; potassium transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (169/137); new base T (11/7); total (180/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 |
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
GTTATATTTTTTTGCATTGGTGGCGGAGCGTGGTATACAACTAAGAAATCTGGCATTCAATTACGTACCCGTGATGGGTTTATTATAATTGTAATGTTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTAATTTAACGTTCATTGATGCTCTGTTTGAAGGGGTTTCTGGAATAACAACAACAGGAGCAACTGTAATTGATGATGTTAGTTCATTACCTCGGGCATATTTGTACTATCGGTCACAGTTAAATTTTATAGGTGGTTTAGGAGT > CP009273/1418177‑1418472 | gTTATATTTTTTTGCATTGGTGGCGGAGCGTGGTATACAACTAAGAAATCTGGCATTCAATTACGTACCCGTGATGGGTTTATTATAATTGTAATGTTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGa > 1:3518759/1‑149 (MQ=255) ttATATTTTTTTGCATTGGTGGCGGAGCGTGGTATACAACTAAGAAATCTGGCATTCAATTACGTACCCGTGATGGGTTTATTATAATTGTAATGTTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTTTCTAAGaa > 2:2746719/1‑149 (MQ=255) ttATATTTTTTTGCATTGGTGGCGGAGCGTGGTATACAACTAAGAAATCTGGCATTCAATTACGTACCCGTGATGGGTTTATTATAATTGTAATGTTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGaa > 1:4347642/1‑149 (MQ=255) ttATATTTTTTTGCATTGGTGGCGGAGCGTGGTATACAACTAAGAAATCTGGCATTCAATTACGTACCCGTGATGGGTTTATTATAATTGTAATGTTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGaa > 1:3024291/1‑149 (MQ=255) tatTTTTTTGCATTGGTGGCGGAGCGTGGTATACAACTAAGAAATCTGGCATTCAATTACGTACCCGTGATGGGTTTATTATAATTGTAATGTTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACtt > 2:2813353/1‑149 (MQ=255) tttttttGCATTGGTGGCGGAGCGTGGTATACAACTAAGAAATCTGGCATTCAATTACGTACCCGTGATGGGTTTATTATAATTGTAATGTTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTaa < 2:3746008/149‑1 (MQ=255) tttttttGCATTGGTGGCGGAGCGTGGTATACAACTAAGAAATCTGGCATTCAATTACGTACCCGTGATGGGTTTATTATAATTGTAATGTTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTaa < 1:3927308/149‑1 (MQ=255) tttttttGCATTGGTGGCGGAGCGTGGTATACAACTAAGAAATCTGGCATTCAATTACGTACCCGTGATGGGTTTATTATAATTGTAATGTTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTaa > 2:1284989/1‑149 (MQ=255) ttttGCATTGGTGGCGGAGCGTGGTATACAACTAAGAAATCTGGCATTCAATTACGTACCCGTGATGGGTTTATTATAATTGTAATGTTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTAAttt < 1:1646267/149‑1 (MQ=255) tGCATTGGTGGCGGAGCGTGGTATACAACTAAGAAATCTGGCATTCAATTACGTACCCGTGATGGGTTTATTATAATTGTAATGTTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTAATTTAAc > 2:262996/1‑149 (MQ=255) gCATTGGTGGCGGAGCGTGGTATACAACTAAGAAATCTGGCATTCAATTACGTACCCGTGATGGGTTTATTATAATTGTAATGTTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTAATTTAACg < 1:4297276/149‑1 (MQ=255) gCATTGGTGGCGGAGCGTGGTATACAACTAAGAAATCTGGCATTCAATTACGTACCCGTGATGGGTTTATTATAATTGTAATGTTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTAATTTAACg > 1:2968192/1‑149 (MQ=255) tggtggCGGAGCGTGGTATACAACTAAGAAATCTGGCATTCAATTACGTACCCGTGATGGGTTTATTATAATTGTAATGTTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTAATTTAACGTTCa > 2:3340492/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |