| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,497,653 | A→T | 5.6% | pseudogene (254/432 nt) | insP ← | pseudogene, IS609 transposase A;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,497,653 | 0 | A | T | 5.6% | 1070.4 / 36.0 | 287 | pseudogene (254/432 nt) | insP | pseudogene, IS609 transposase A;IS, phage, Tn; Transposon‑related functions; extrachromosomal; transposon related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (156/115); new base T (4/12); total (160/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-02 | |||||||||||
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Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
TTGGCGGATGACGGATATTGGCGCACCTCCGCAGCTACTGGCAAAATAGCCAGGACTCCACAAAACGCCTTTGTAGTAATACCTGAATGCAATATCTGGTCGATCTCGTCGCAGTCACCTACCCGATACGCCTTTGAGGCTGTTTACCAGACTGGATATCGCCAGTTTGGGAGGATAGTTAATTAACAAATGGACGTGATCTGGTTCGCCATCCATTTCAACCAGTTCAGCTTCAAAATCAGCACATACATTTGAAAAGTAAGTGCGTAGTTTTTCTGTCGCGTCATGGTCAAAAAT > CP009273/1497505‑1497801 | ttGGCGGATGACGGATATTGGCGCACCTCCGCAGCTACTGGCAAAATAGCCAGGACTCCACAAAACGCCTTTGTAGTAATACCTGAATGCAATATCTGGTCGATCTCGTCGCAGTCACCTACCCGATACGCCTTTGAGGCTGTTTACCa < 1:4445268/149‑1 (MQ=255) gATGACGGATATTGGCGCACCTCCGCAGCTACTGGCAAAATAGCCAGGACTCCACAAAACGCCTTTGTAGTAATACCTGAATGCAATATCTGGTCGATCTCGTCGCAGTCACCTACCCGATACGCCTTTGAGGCTGTTTACCAGACTgg > 2:1603451/1‑149 (MQ=255) gACGGATATTGGCGCACCTCCGCAGCTACTGGCAAAATAGCCAGGACTCCACAAAACGCCTTTGTAGTAATACCTGAATGCAATATCTGGTCGATCTCGTCGCAGTCACCTACCCGATACGCCTTTGAGGCTGTTTACCAGACTGGata < 2:130334/149‑1 (MQ=255) 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cccGATACGCCTTTGAGGCTGTTTACCAGACTGGATATCGCCAGTTTGGGAGGATAGTTAATTAACAAATGGACGTGATCTGGTTCGCCATCCATTTCAACCAGTTCAGCTTCAAAATCAGCACATACATTTGAAAAGTAAGTGCGTAg > 1:2122750/1‑149 (MQ=255) aTACGCCTTTGAGGCTGTTTACCAGACTGGATATCGCCAGTTTGGGAGGATAGTTAATTAACAAATGGACGTGATCTGGTTCGCCATCCATTTCAACCAGTTCAGCTTCAAAATCAGCACATACATTTGAAAAGTAAGTGCGTAGtttt < 2:3111162/149‑1 (MQ=255) aCGCCTTTGAGGCTGTTTACCAGACTGGATATCGCCAGTTTGGGAGGATAGTTAATTAACAAATGGACGTGATCTGGTTCGCCATCCATTTCAACCAGTTCAGCTTCAAAATCAGCACATACATTTGAAAAGTAAGTGCGTAGTTTTTc > 1:861608/1‑149 (MQ=255) aCGCCTTTGAGGCTGTTTACCAGACTGGATATCGCCAGTTTGGGAGGATAGTTAATTAACAAATGGACGTGATCTGGTTCGCCATCCATTTCAACCAGTTCAGCTTCAAAATCAGCACATACATTTGAAAAGTAAGTGCGTAGTTTTTc > 1:861682/1‑149 (MQ=255) cGCCTTTGAGGCTGTTTACCAGACTGGATATCGCCAGTTTGGGAGGATAGTTAATTAACAAATGGACGTGATCTGGTTCGCCATCCATCTCAACCAGTTCAGCTTCAAAATCAGCACATACATTTGAAAAGTAAGTGCGTAGTTTTTCt > 1:4065700/1‑149 (MQ=255) ccTTTGAGGCTGTTTACCAGACTGGATATCGCCAGTTTGGGAGGATAGTTAATTAACAAATGGACGTGATCTGGTTCGCCATCCATTTCAACCAGTTCAGCTTCAAAATCAGCACATACATTTGAAAAGTAAGTGCGTAGTTTTTCTGt > 1:1737722/1‑149 (MQ=255) ccTTTGAGGCTGTTTACCAGACTGGATATCGCCAGTTTGGGAGGATAGTTAATTAACAAATGGACGTGATCTGGTTCGCCATCCATTTCAACCAGTTCAGCTTCAAAATCAGCACATACATTTGAAAAGTAAGTGCGTAGTTTTTCTGt > 1:2671181/1‑149 (MQ=255) cTTTGAGGCTGTTTACCAGACTGGATATCGCCAGTTTGGGAGGATAGTTAATTAACAAATGGACGTGATCTGGTTCGCCATCCATTTCAACCAGTTCAGCTTCAAAATCAGCACATACATTTGAAAAGTAAGTGCGTAGTTTTTCTGTc > 2:4689336/1‑149 (MQ=255) tttGAGGCTGTTTACCAGACTGGATATCGCCAGTTTGGGAGGATAGTTAATTAACAAATGGACGTGATCTGGTTCGCCATCCATTTCAACCAGTTCAGCTTCAAAATCAGCACATACATTTGAAAAGTAAGTGCGTAGTTTTTCTGTcg > 1:1985704/1‑149 (MQ=255) ggCTGTTTACCAGACTGGATATCGCCAGTTTGGGAGGATAGTTAATTAACAAATGGACGTGATCTGGTTCGCCATCCATTTCAACCAGTTCAGCTTCAAAATCAGCACATACATTTGAAAAGTAAGTGCGTAGTTTTTCTGTCGCGTCa > 2:1875324/1‑149 (MQ=255) 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ttACCAGACTGGATATCGCCAGTTTGGGAGGATAGTTAATTAACAAATGGACGTGATCTGGTTCGCCATCCATTTCAACCAGTTCAGCTTCAAAATCAGCACATACATTTGAAAAGTAAGTGCGTAGTTTTTCTGTCGCGTCATGGTCa < 1:1733317/149‑1 (MQ=255) aGACTGGATATCGCCAGTTTGGGAGGATAGTTAATTAACAAATGGACGTGATCTGGTTCGCCATCCATTTCAACCAGTTCAGCTTCAAAATCAGCACATACATTTGAAAAGTAAGTGCGTAGTTTTTCTGTCGCGTCATGGTCAAAAAt > 2:2246099/1‑149 (MQ=255) | TTGGCGGATGACGGATATTGGCGCACCTCCGCAGCTACTGGCAAAATAGCCAGGACTCCACAAAACGCCTTTGTAGTAATACCTGAATGCAATATCTGGTCGATCTCGTCGCAGTCACCTACCCGATACGCCTTTGAGGCTGTTTACCAGACTGGATATCGCCAGTTTGGGAGGATAGTTAATTAACAAATGGACGTGATCTGGTTCGCCATCCATTTCAACCAGTTCAGCTTCAAAATCAGCACATACATTTGAAAAGTAAGTGCGTAGTTTTTCTGTCGCGTCATGGTCAAAAAT > CP009273/1497505‑1497801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |