| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,538,906 | G→A | 16.9% | pseudogene (116/381 nt) | yddK ← | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,538,906 | 0 | G | A | 16.9% | 788.9 / 130.9 | 290 | pseudogene (116/381 nt) | yddK | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (117/124); new base A (18/31); total (135/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
CATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCCA > CP009273/1538758‑1539054 | tGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGc > 1:2381984/1‑149 (MQ=255) gTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCg > 1:4299486/1‑149 (MQ=255) tttttAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGa > 1:4538458/1‑149 (MQ=255) ttAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAg > 1:639874/1‑149 (MQ=255) aCTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAAt > 2:2742765/1‑149 (MQ=255) aCTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAAt < 2:3583225/149‑1 (MQ=255) cTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAAtt < 2:4044124/149‑1 (MQ=255) tttATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTgc < 2:3099017/149‑1 (MQ=255) ttCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTgccaggcc < 2:1074935/149‑1 (MQ=255) ttCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTgccaggcc < 2:5058803/149‑1 (MQ=255) tCATCTGGTTTACAACTTCATCTGTCTTGGAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTAATCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGAACCAGGCGAAAGAATTtccaggcca > 1:2618257/1‑149 (MQ=255) tCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTa < 1:3535662/149‑1 (MQ=255) tCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTa < 1:939921/149‑1 (MQ=255) tCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTa > 2:1222242/1‑149 (MQ=255) cTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTAt < 2:2420126/149‑1 (MQ=255) tGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTAtt < 2:3288946/149‑1 (MQ=255) ggTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTa < 1:511403/149‑1 (MQ=255) ggTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTa > 1:420328/1‑149 (MQ=255) gTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTaa > 1:3338732/1‑149 (MQ=255) ttACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGc < 2:3363010/149‑1 (MQ=255) aCAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCtt < 1:4470318/149‑1 (MQ=255) aaCTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTaa < 2:2233629/149‑1 (MQ=255) aCTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAg < 1:3815410/149‑1 (MQ=255) aCTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAg > 2:3759258/1‑149 (MQ=255) cTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGt < 1:966018/149‑1 (MQ=255) ttCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTg > 2:3358658/1‑149 (MQ=255) tCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGc > 2:3075361/1‑149 (MQ=255) tCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGc < 1:2024492/149‑1 (MQ=255) tCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGc > 1:5054003/1‑149 (MQ=255) tGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTgggg > 2:3625934/1‑149 (MQ=255) gTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGa > 2:2529702/1‑149 (MQ=255) cTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGaaa < 1:2097529/149‑1 (MQ=255) ttGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGaaaa > 2:1365911/1‑149 (MQ=255) tGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAAc < 2:4865479/149‑1 (MQ=255) tAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACaa > 2:826078/1‑149 (MQ=255) aGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAAt < 1:4070387/149‑1 (MQ=255) aGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAAt > 2:2794290/1‑149 (MQ=255) gtgtATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTaa < 2:2124778/149‑1 (MQ=255) tatattatatGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATa > 2:1725801/1‑149 (MQ=255) tatattatatGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATa < 2:2372476/149‑1 (MQ=255) atattatatGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATaa < 2:729673/149‑1 (MQ=255) ttatatGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACAt > 1:2404760/1‑149 (MQ=255) atatGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGa > 1:1084263/1‑149 (MQ=255) tatGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAg > 2:3172411/1‑149 (MQ=255) tGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCt < 1:3062015/149‑1 (MQ=255) ttataTGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCTTTATCCACAACTATTCCGACATAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCAAGGCCAGTATTAATCTTAATTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCAt < 2:270218/148‑1 (MQ=255) atatGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCAtag < 1:3220733/149‑1 (MQ=255) atGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCAtagta < 1:1407608/149‑1 (MQ=255) atGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCAtagta > 1:4377419/1‑149 (MQ=255) tGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCAtagtag < 1:596598/149‑1 (MQ=255) tttttAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCa < 1:4593115/149‑1 (MQ=255) ttttAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCaa < 2:3260556/149‑1 (MQ=255) ttttAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCaa < 2:1490861/149‑1 (MQ=255) ttttAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCaa < 1:4666633/149‑1 (MQ=255) ttttAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCaa > 1:3064279/1‑149 (MQ=255) tttAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAAt < 1:1467125/149‑1 (MQ=255) ttAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAAtt > 1:1228105/1‑149 (MQ=255) aGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGttct > 1:27007/1‑149 (MQ=255) taTAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGttcttc < 2:2530686/148‑1 (MQ=255) gATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGttcttc > 2:2955594/1‑149 (MQ=255) gATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGttcttc > 1:1551515/1‑149 (MQ=255) aGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCa < 1:1988756/149‑1 (MQ=255) gTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAg > 1:491056/1‑149 (MQ=255) aaCAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAAc > 2:1937237/1‑149 (MQ=255) aaTTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACAtt > 1:2940830/1‑149 (MQ=255) aTTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACAttt > 1:2742128/1‑149 (MQ=255) tCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTaa < 1:702751/149‑1 (MQ=255) gTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTaaaa < 1:2779579/149‑1 (MQ=255) gTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTaaaa > 2:2240711/1‑149 (MQ=255) ttATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTaaaaa > 2:3479305/1‑149 (MQ=255) ttATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTaaaaa > 1:3117954/1‑149 (MQ=255) tATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTaaaaaa < 2:3746038/149‑1 (MQ=255) aTCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAAt > 2:2622737/1‑149 (MQ=255) tCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAAtt < 1:2467066/149‑1 (MQ=255) tCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAAtt > 2:4515829/1‑149 (MQ=255) cacaTCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTa < 2:2916228/149‑1 (MQ=255) cacaTCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTa < 2:4752118/149‑1 (MQ=255) tATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGtttt > 1:4131080/1‑149 (MQ=255) tATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGtttt < 1:403446/149‑1 (MQ=255) aTTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTg > 2:2024298/1‑149 (MQ=255) ttCCGTCAGAGTGAACATCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCACGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGc < 2:4002417/149‑1 (MQ=255) tCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGt > 2:4222163/1‑149 (MQ=255) agagTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGttt > 2:316539/1‑149 (MQ=255) gagTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGtttt > 1:1259736/1‑149 (MQ=255) gTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTttat < 2:5189410/149‑1 (MQ=255) gTGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTttat < 2:1983728/149‑1 (MQ=255) tGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTttatt > 2:1343131/1‑149 (MQ=255) tGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTttatt < 1:3790911/149‑1 (MQ=255) tGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTttatt < 2:3071072/149‑1 (MQ=255) tGAACTTCAAATGCACCAAGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTttatt < 2:457438/149‑1 (MQ=255) gAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTttatta < 1:575149/149‑1 (MQ=255) tCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATgggg > 2:4671999/1‑149 (MQ=255) aaaTGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGaa > 2:1391123/1‑149 (MQ=255) aaaTGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGaa < 1:1725801/149‑1 (MQ=255) tGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATaa > 1:1785099/1‑149 (MQ=255) gCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATaaa > 2:4448081/1‑149 (MQ=255) gCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATaaa > 2:1853958/1‑149 (MQ=255) cACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAg > 1:1340403/1‑149 (MQ=255) aGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTcc > 1:880307/1‑149 (MQ=255) ggCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCCa > 1:1705199/1‑149 (MQ=255) | CATGTTTTTAACTTTTATATTCATCTGGTTTACAACTTCCTCTGTCTTGTAAGTGTGTATATTATATGGGGTATATGCTTTTTTAATAGGATAGTGAAACAATTCGTTATCCACATCTATTCCGTCAGAGTGAACTTCAAATGCACCAGGCGAAAGAATTGCCAGGCCAGTATTAAGCTTAAGTGCTGGGGAAAACAAATTAAATAACATGAGCTGCATAGTAGGGCAATTGTTCTTCCCAGAAACATTTAAAAAATTTAAGTTTTGCTCTGTTTTATTATGGGGAATAAAGTTCCA > CP009273/1538758‑1539054 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |