| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 1,569,899 | A→G | 5.2% | S660P (TCT→CCT) | yddB ← | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,569,899 | 0 | A | G | 5.2% | 1020.4 / 31.6 | 290 | S660P (TCT→CCT) | yddB | putative TonB‑dependent outer membrane receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (139/136); new base G (7/8); total (146/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
GTCTTACCAAGGATAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAGGGGTTCGGC > CP009273/1569751‑1570046 | tCTTACCAAGGATAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAagag > 1:2390823/1‑149 (MQ=255) aCCAAGGATAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGGGACCa < 2:820895/149‑1 (MQ=255) aaGGATAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGAt < 1:946990/149‑1 (MQ=255) ggATAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTa > 1:4787129/1‑149 (MQ=255) ggATAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTa > 2:80882/1‑149 (MQ=255) tAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCg > 2:1683209/1‑149 (MQ=255) tAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCg > 2:2897979/1‑149 (MQ=255) tGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTta < 1:1865920/149‑1 (MQ=255) tGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTta < 1:675210/149‑1 (MQ=255) tGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTta > 1:4025772/1‑149 (MQ=255) tGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTta < 1:3274728/149‑1 (MQ=255) gCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTtat < 2:1798983/149‑1 (MQ=255) aGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATaaa > 2:111908/1‑149 (MQ=255) aGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTGTAAGGAGATCTTTAATGGGGTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTGATaaa > 2:2120858/1‑149 (MQ=255) tttACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAacca < 2:647381/149‑1 (MQ=255) tttACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAacca < 2:4372774/149‑1 (MQ=255) ttACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGTTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGGTATAAaccac > 1:2316611/1‑149 (MQ=255) tACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAaccacc < 1:2722629/149‑1 (MQ=255) tACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAaccacc > 1:3702725/1‑149 (MQ=255) cgcgCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTg < 1:1065044/149‑1 (MQ=255) gcTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGGGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGtt > 1:1508983/1‑149 (MQ=255) ttcttGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTAt > 1:1334155/1‑149 (MQ=255) ttGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTCAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCAc > 2:2193846/1‑149 (MQ=255) ttGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGGGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCAc > 2:2830596/1‑149 (MQ=255) ttGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCAc > 2:4174781/1‑149 (MQ=255) caggccagCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGGGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGt > 2:2709284/1‑149 (MQ=255) aggccagCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTa > 1:1761634/1‑149 (MQ=255) ccagCGTATTCGCCCACACTACCCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTg < 2:5013197/149‑1 (MQ=255) agCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGct < 2:4428822/149‑1 (MQ=255) agCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGct > 2:610381/1‑149 (MQ=255) cGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGctct > 1:789220/1‑149 (MQ=255) ttCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTctcctc > 1:720638/1‑149 (MQ=255) tCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCa < 1:798379/149‑1 (MQ=255) cccACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGGGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATaa < 1:2533081/149‑1 (MQ=255) cccACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATaa > 1:2850374/1‑149 (MQ=255) ccACACGAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAAc < 2:900167/149‑1 (MQ=255) cacaCTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAAcc > 1:3775002/1‑149 (MQ=255) cacTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCAt < 1:3504688/149‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGtt > 1:2245624/1‑149 (MQ=255) cccGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTa < 2:3946930/149‑1 (MQ=255) cccGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTa < 1:3334724/149‑1 (MQ=255) gTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAg > 1:2993873/1‑149 (MQ=255) aTGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGc < 2:2447325/149‑1 (MQ=255) aTGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGc < 2:477035/149‑1 (MQ=255) tGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATATTTATTGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGcc < 1:470347/149‑1 (MQ=255) aTCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATACCCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGctct < 2:3480520/149‑1 (MQ=255) aTCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGctct < 2:2058686/149‑1 (MQ=255) aTCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGctct < 2:5047787/149‑1 (MQ=255) tttAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGAtata < 2:3100427/149‑1 (MQ=255) tttAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGAtata > 1:3167692/1‑149 (MQ=255) tAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGc > 1:3606044/1‑149 (MQ=255) gaTCTTTAATGTGTTATTAAAATCTGCCTCTGGAACGCTATCGTAAGAGAACAGATTACAGTTATAAACCAGCTGTTTATCACCTGTATTGATCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACCATTTTCCCTTTCTCTTGATATAGCTAAAGa < 2:2253334/149‑1 (MQ=255) aTCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGAc < 1:1132670/149‑1 (MQ=255) tAATGGGTTTTTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAAttt < 1:1918815/149‑1 (MQ=255) tAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAAttt < 2:4742730/149‑1 (MQ=255) aTGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTtgt < 2:1720283/149‑1 (MQ=255) gggTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTgg < 2:3395726/149‑1 (MQ=255) ggTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTggg < 1:1276095/149‑1 (MQ=255) ttattaAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGtt > 1:414276/1‑149 (MQ=255) ttattaAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGtt < 2:2284799/149‑1 (MQ=255) ttaAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAat > 1:4995853/1‑149 (MQ=255) taAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAata < 2:1395458/149‑1 (MQ=255) aaaaTCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAatat < 2:482373/149‑1 (MQ=255) aaTCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCt > 1:2686795/1‑149 (MQ=255) aaTCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCt < 2:767587/149‑1 (MQ=255) aTCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTa > 1:848065/1‑149 (MQ=255) tCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTAc > 2:1035266/1‑149 (MQ=255) tCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTAc < 2:3857510/149‑1 (MQ=255) tCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTAc > 1:1853611/1‑149 (MQ=255) tGCCACTGGAACGCTATCGTAAGGGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCt < 1:623714/149‑1 (MQ=255) tGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCt > 2:3251425/1‑149 (MQ=255) tGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCt > 2:3758299/1‑149 (MQ=255) cACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGc > 1:1706503/1‑149 (MQ=255) cACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGc < 2:5083672/149‑1 (MQ=255) cACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGc < 1:4474442/149‑1 (MQ=255) aCTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCg > 2:5186494/1‑149 (MQ=255) aCTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCg > 2:1339915/1‑149 (MQ=255) tGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGa > 2:2981062/1‑149 (MQ=255) ggAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGat < 2:1886525/149‑1 (MQ=255) ggAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGat > 2:4104875/1‑149 (MQ=255) ggAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGat > 2:1079082/1‑149 (MQ=255) ggAACGCTATCGTAAGAGACCAGATGACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGat < 2:3136262/149‑1 (MQ=255) gAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGata < 2:581796/149‑1 (MQ=255) aaCGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGatat > 2:1565719/1‑149 (MQ=255) cTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAg > 1:3835860/1‑149 (MQ=255) cTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAg < 2:403158/149‑1 (MQ=255) cTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAg > 1:2496678/1‑149 (MQ=255) tATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAgg > 1:4236508/1‑149 (MQ=255) tATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAgg < 2:4848948/149‑1 (MQ=255) tATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAgg < 1:2938275/149‑1 (MQ=255) tATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAgg < 2:3606044/149‑1 (MQ=255) tATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAgg < 1:5030328/149‑1 (MQ=255) aTCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAggg < 1:867547/149‑1 (MQ=255) tCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAgggg > 2:4334738/1‑149 (MQ=255) tAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAGGGGTTc > 2:4577482/1‑149 (MQ=255) tAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAGGGGTTc > 2:3021491/1‑149 (MQ=255) tAAGAGACCAGATTACCGTTAGAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAGGGGTTc < 2:1171963/149‑1 (MQ=255) agagACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAGGGGTTCgg > 2:1196226/1‑149 (MQ=255) agagACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGATGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTAACTGGCGGATATGCAGGGGTTCgg > 2:3792296/1‑149 (MQ=255) gagaCCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAGGGGTTCGGc > 2:57983/1‑149 (MQ=255) | GTCTTACCAAGGATAATGCGAGCTTTACGCGCTTCTTGCCAGGCCAGCGTATTCGCCCACACTAACCCGCTCGGTTGATGCGTGAAATCCATGTTTAAGGAGATCTTTAATGGGTTATTAAAATCTGCCACTGGAACGCTATCGTAAGAGACCAGATTACCGTTATAAACCACCTGGTTATCACCGGTATTGCTCTCCTCATAACCATTGTTTAACGACAAGTTGCCCTTGCTCTTGATATAGCTAAAGACAATTTGTGGGTTAATATCTACCTGGCGGATATGCAGGGGTTCGGC > CP009273/1569751‑1570046 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |