| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 1,587,275 | C→A | 8.3% | pseudogene (4970/5323 nt) | yneO ← | pseudogene, AidA homolog |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 1,587,275 | 0 | C | A | 8.3% | 1086.3 / 53.3 | 287 | pseudogene (4970/5323 nt) | yneO | pseudogene, AidA homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (137/125); new base A (15/10); total (152/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
CAGTTCGCTTCAATGTAAGGCTGGAACTCACGCTGTTTACCATCGTCACGCTGGTGATGGCTGTTCAGGTAGGTTTTCACCCCAAGTCGCGTTTGCACATTTCCGTCGCCTTCCGTTTCAATGCGCGTTCCGTCTTTCCGGGTATGGTCGGAATCTTTCACACCCATCCAGGTGATTTGCGCCTGTGGCTGGACGTACCAGGTATTCAGCGTCCCTTCGCTGCCGCTAAATGTTCCCGCTTCAAAGGTATACCCACCCTCAACAGAGGCCGTCACACCGCGAGAATCATAGTCGTCA > CP009273/1587127‑1587423 | tCGCTTCAATGTAAGGCTGGAACTCACGCTGTTTACCATCGTCACGCTGGTGATGGCTGTTCAGGTAGGTTTTCACCCCAAGTCGCGTTTGCACATTTCCGTCGCCTTCCGTTTCAATGCGCGTTCCGTCTTTCCGGGTATGGTCGGaa > 2:5122204/1‑149 (MQ=255) cGCTTCAATGTAAGGCTGGAACTCACGCTGTTTACCATCGTCACGCTGGTGATGGCTGTTCAGGTAGGTTTTCACCCCAAGTCGCGTTTGCACATTTCCGTCGCCTTCCGTTTCAATGCGCGTTCCGTCTTTCCGGGTATGGTAGGAAt > 2:562480/1‑149 (MQ=255) cGCTTCAATGTAAGGCTGGAACTCACGCTGTTTACCATCGTCACGCTGGTGATGGCTGTTCAGGTAGGTTTTCACCCCAAGTCGCGTTTGCACATTTCCGTCGCCTTCCGTTTCAATGCGCGTTCCGTCTTTCCGGGTATGGTAGGAAt > 1:2098832/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |