| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,611,821 | C→A | 9.7% | I179I (ATC→ATA) | ydeA → | arabinose efflux transporter, arabinose‑inducible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,611,821 | 0 | C | A | 9.7% | 1049.2 / 67.4 | 285 | I179I (ATC→ATA) | ydeA | arabinose efflux transporter, arabinose‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (133/124); new base A (12/16); total (145/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
CTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGCAT > CP009273/1611673‑1611969 | cTCCGGCCGGGAAGCGAGCACCGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATc > 2:4863787/1‑149 (MQ=255)cTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATGGGTATTGGGGCGCTTATc < 2:4319005/149‑1 (MQ=255) ccggccggGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCAc < 2:4530945/149‑1 (MQ=255) ccggccggGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCAc < 2:2366265/149‑1 (MQ=255) cggGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCttt > 2:24216/1‑149 (MQ=255) cggGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCttt < 1:545769/149‑1 (MQ=255) cggGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATAACCCttt < 2:903259/149‑1 (MQ=255) ggAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTtg > 2:4399055/1‑149 (MQ=255) 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cttcttCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCCCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACtg < 1:2347458/149‑1 (MQ=255) ttcttcGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTATTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACtgt < 1:2288620/149‑1 (MQ=255) cttcGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTgtgg < 2:88223/149‑1 (MQ=255) cttcGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTgtgg < 2:3725733/149‑1 (MQ=255) tcGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTgtggtg < 1:1292379/149‑1 (MQ=255) 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ttGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTc > 2:1626279/1‑149 (MQ=255) aTTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGc > 2:521152/1‑149 (MQ=255) ttGGGGCGCTTATCACCCTTTTTTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTACGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGcc > 1:808882/1‑149 (MQ=255) ttGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGcc > 1:3972334/1‑149 (MQ=255) tGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGccc < 2:3829392/149‑1 (MQ=255) gcgcTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTa > 2:2082382/1‑149 (MQ=255) gcgcTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTa > 2:5068409/1‑149 (MQ=255) cgcTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGTATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTac < 1:631526/149‑1 (MQ=255) cgcTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTac > 1:3131099/1‑149 (MQ=255) cTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTacac > 2:3668332/1‑149 (MQ=255) tATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACgg < 1:4863787/149‑1 (MQ=255) cACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGCAt > 1:2471440/1‑149 (MQ=255) | CTCCGGCCGGGAAGCGAGCACAGGCATTGAGTTTAATTGCCACCGGTACAGCACTGGCGATGGTCTTAGGTTTACCTCTCGGGCGCATTGTGGGCCAGTATTTCGGTTGGCGAATGACCTTCTTCGCGATTGGTATTGGGGCGCTTATCACCCTTTTGTGCCTGATTAAGTTACTTCCCTTACTGCCCAGTGAGCATTCCGGTTCACTGAAAAGCCTCCCGCTATTGTTCCGCCGCCCGGCATTGATGAGCATTTATTTGTTAACTGTGGTGGTTGTCACCGCCCATTACACGGCAT > CP009273/1611673‑1611969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |