| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 157,178 | C→A | 20.8% | intergenic (‑87/+91) | dksA ← / ← sfsA | transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein/sugar fermentation stimulation protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 157,178 | 0 | C | A | 20.8% | 803.7 / 174.6 | 292 | intergenic (‑87/+91) | dksA/sfsA | transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein/sugar fermentation stimulation protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (105/126); new base A (31/30); total (136/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
TCCACCCCAGCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACTGTGTGAGGAAAAGCGTATTTGCGCACGCGACCAGAATGTAAATTAACCAGTTACTTACTTTACTACAATGTAACCGGCAGTGATTTTTTAAGAGCCATGCCTTCAGCAGAAATTTCCGC > CP009273/157030‑157325 | cACCCCAGCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCaa < 2:4668209/149‑1 (MQ=255) aCCCCAGCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAAt > 1:3383325/1‑149 (MQ=255) ccccAGCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAAtt < 2:2253155/149‑1 (MQ=255) ccAGCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTAt < 1:5166740/149‑1 (MQ=255) cAGCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATc > 1:3619346/1‑149 (MQ=255) gCGATGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTa < 2:2959229/149‑1 (MQ=255) aTGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAAc > 2:3688615/1‑149 (MQ=255) aTGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAAc < 1:815616/149‑1 (MQ=255) tGGCGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACg > 2:2100424/1‑149 (MQ=255) cGAGAATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTaa > 2:4605250/1‑149 (MQ=255) agaATACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAaca > 1:1075453/1‑149 (MQ=255) aaTACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGAAATTATCTAAACGTAACACt < 1:2184058/149‑1 (MQ=255) aTACTCATGGTCGATGTTTTTCGGTTTTGCCCTTCTTGCATGGTGCTTCTCCTTAACCCGCACTATCGCTCCCCCTGTTCGGGGGAAAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACt < 1:4885162/149‑1 (MQ=255) aTACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACtt < 2:3567751/149‑1 (MQ=255) aTACTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACtt < 1:1271106/149‑1 (MQ=255) cTCAGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGAAATTATCTAAACGTAACACTTGAc < 2:4187113/149‑1 (MQ=255) aGGGACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGCAATTATCTAAACGTAACACTTGACAAc < 1:4490403/149‑1 (MQ=255) gggACGATGTTTTACGGTTTTGCCCTTCTTGCATGTTGCTTCTCCTTAACACGCACTATCGATCCCCATGTTCGGGGG‑AAAAATGAGGCCGCTATAAATAGCAGATGCTTTTCCGGATAGAAATTATCTAAACGTAACACTTGACAACt > 1:568557/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |