Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 1,704,060 | A→T | 8.5% | Q221L (CAA→CTA) | rsxD → | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; putative membrane protein of electron transport complex |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 1,704,060 | 0 | A | T | 8.5% | 1081.6 / 65.2 | 303 | Q221L (CAA→CTA) | rsxD | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; putative membrane protein of electron transport complex |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (132/145); new base T (6/20); total (138/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
GATATGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCATATTCCCCTCAGCTTCTTAGTAACGCTGGCGTTATGCGCAATGTTGGGCTGGTTGTTCTCACCAGAAACACTGGCAGCACCG > CP009273/1703912‑1704208 | atGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATg > 2:1744117/1‑149 (MQ=255) tGAACACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATgg < 2:865671/149‑1 (MQ=255) aaCACACTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGt > 1:2022024/1‑149 (MQ=255) cacTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAAt < 1:1014206/149‑1 (MQ=255) cacTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAAt < 1:4017093/149‑1 (MQ=255) cacTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAAt > 1:825721/1‑149 (MQ=255) acTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAAtc > 2:480468/1‑149 (MQ=255) cTACGCTTAGGTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAAtct < 1:1462560/149‑1 (MQ=255) 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ggTATTGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggct < 1:5195428/149‑1 (MQ=255) ttGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctggct < 2:3442786/149‑1 (MQ=255) ttGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctggct > 1:2436374/1‑149 (MQ=255) ttGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctggct > 1:134351/1‑149 (MQ=255) ttGATGGCATTAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCctggctggct < 1:2845605/149‑1 (MQ=255) 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tAGTCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTAt < 1:5080807/149‑1 (MQ=255) tCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGt < 2:3210277/149‑1 (MQ=255) tCAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGt < 2:3821784/149‑1 (MQ=255) cAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCTATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGtt < 1:1152775/149‑1 (MQ=255) cAGGCGACACCGCTGGATACATTTAAAACCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGtt > 1:1576459/1‑149 (MQ=255) 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aaCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGc < 1:1247767/149‑1 (MQ=255) aCCTCTGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCa > 2:2433536/1‑149 (MQ=255) ctctGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCata < 2:4629259/149‑1 (MQ=255) tctGTCCGTGCCTGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCatat > 2:4426885/1‑149 (MQ=255) tctGTCCGTGCCGGTCATTCGGTTGAACAGATTATGCAATATCCGATCTACAGCGGTATTCTGGCGGGCGCTGGTTGGCAATGGGTAAATCTCGCCTGGCTGGCTGGCGGCGTATGGTTGCTATGGCAGAAAGCGATTCGCTGGCatat > 1:2487918/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |