| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,102,316 | A→T | 10.2% | F250L (TTT→TTA) | wzxB ← | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,102,316 | 0 | A | T | 10.2% | 1003.3 / 82.2 | 286 | F250L (TTT→TTA) | wzxB | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (111/145); new base T (11/18); total (123/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
CAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTAAAATTCCCTACGGACGTTGGTCCAGATATAAATCCCAGGATAATAACTATTCCCGTAGAATATAAACTAATAGCAGATGTGGAAATAAAAACATGAAAACCGTCTGCTAAAGATCGACGCACATTATGTAATGATAGCGTAACTTTAC > CP009273/2102169‑2102464 | cAAACTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTaa < 1:2562919/149‑1 (MQ=255) aaaCTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTtaa > 1:5006084/1‑149 (MQ=255) aCTCAAGCAGGTCAATGATTTTTTAATTAAAATCACACCCTTCACACGATTAAGAACAAGCGTACTTGATATTCTTGGGTATATTGCTTGGGTGATAGGATTTAATAGCCCTTGAAGCGCGTTTCTTATAGTATTGGCCGCATTAAAAt > 1:3668744/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |