| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,121,548 | A→T | 5.9% | V83E (GTG→GAG) | gmd ← | GDP‑D‑mannose dehydratase, NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,121,548 | 0 | A | T | 5.9% | 1120.1 / 47.9 | 304 | V83E (GTG→GAG) | gmd | GDP‑D‑mannose dehydratase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (166/120); new base T (15/3); total (181/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
GGAAGCCTGATAGAAACGAGTTTTCTTTTCCAGACCGAGGAAGCGGATCGCCTCCAGCAGGCGCAGCGTACCCATCGCGTCGACGTCAGCGGTATATTCTGGTGACTCAAAAGAGACCGCAACGTGGCTCATTGCGCCCAGGTTGTACACTTCATCCGGCTGTACTTCACGCAAAATGCGCGTCAGGTTAGAGGTATCACTCAGGTCGCCATAATGCAGATGGAATTTCGGGTTGCAGGTGTGCGGATCCTGATAAATGTGATCCACGCGCTCGGTGTTGAATGACGATGCGCGACG > CP009273/2121400‑2121696 | ggAAGCCTGATAGAAACGAGTTTTCTTTTCCAGACCGAGGAAGCGGATCGCCTCCAGCAGGCGCAGCGTACCCATCGCGTCGACGTCAGCGGTATATTCTGGTGACTCAAAAGAGACCGCAACGTGGCTCATTGCGCCCAGGTTGTaca > 1:3578846/1‑149 (MQ=255) aaGCCTGATAGAAACGAGTTTTCTTTTCCAGACCGAGGAAGCGGATCGCCTCCAGCAGGCGCAGCGTACCCATCGCGTCGACGTCAGCGGTATATTCTGGTGACTCAAAAGAGACCGCAACGTGGCTCATTGCGCCCAGGTTGTACACt > 2:106734/1‑149 (MQ=255) aGCCTGATAGAAACGAGTTTTCTTTTCCAGACCGAGGAAGCGGATCGCCTCCAGCAGGCGCAGCGTACCCATCGCGTCGACGTCAGCGGTATATTCTGGTGACTCAAAAGAGACCGCAACGTGGCTCATTGCGCCCAGGTTGTACACtt > 1:919112/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |