| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 198,022 | 0 | C | A | 21.5% | 785.4 / 175.7 | 287 | R189S (CGT→AGT) | lpxD | UDP‑3‑O‑(3‑hydroxymyristoyl)‑glucosamine N‑acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (106/119); new base A (31/31); total (137/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
TTGCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGTGGTAACTGGGTGAAGATCCCACAGATTGGTCGCGTAATTATTGGCGATCGCGTGGAGATCGGTGCCTGCACAACCATCGATCGCGGCGCGCTGGATGACACTATTATTGGCAATGGCGTGATCATTGATAACCAGTGCCAGATTGC > CP009273/197874‑198170 | ttGCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATc < 1:4769903/149‑1 (MQ=255)ttGCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATc > 2:10251/1‑149 (MQ=255) gCTTCGTAGGTAAAAACAGCAAAATCGGTGCAGGTTCGCGTCTCTGGGCGAACGTAACCATTTACCATGAGATCCAGATCGGTCAGAATTGCCTGATCCAGTCCGGAACAGTGGTAGGCGCAGACGGCTTTGGTTATGCCAACGATCGt < 1:5019569/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |