Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,264,143 | G→A | 27.9% | intergenic (+119/‑62) | mepS → / → rtn | murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein/resistance protein for phages lambda and N4, putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,264,143 | 0 | G | A | 27.9% | 588.7 / 267.0 | 319 | intergenic (+119/‑62) | mepS/rtn | murein DD‑endopeptidase, space‑maker hydrolase, mutational suppressor of prc thermosensitivity, outer membrane lipoprotein/resistance protein for phages lambda and N4, putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (114/116); new base A (40/49); total (154/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
GAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTCATTGTTATCTTTTAAATGTTGTCGTAATTTCAGGAAATTAACGGAATCATGTTCATACGCGCTCCCAATTTTGGACGTAAGCTCCTGCTTACCTGCATTGTTGCAGGCGTAATGATTGCGATACTGGTGAGTTGC > CP009273/2263995‑2264291 | gAAGCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAgg > 1:48283/1‑149 (MQ=255) gCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCta > 1:114176/1‑149 (MQ=255) gCACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCta < 1:1360661/149‑1 (MQ=255) cACGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCtat < 1:608647/149‑1 (MQ=255) aCGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCtata > 1:35419/1‑149 (MQ=255) cGCCGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAg < 1:3615785/149‑1 (MQ=255) ccGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTc < 2:4088615/149‑1 (MQ=255) cGGGTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTcc < 1:1803445/149‑1 (MQ=255) gggTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCg > 2:1719200/1‑149 (MQ=255) ggTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCgg < 1:1166046/149‑1 (MQ=255) gTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGt > 2:2336680/1‑149 (MQ=255) gTTCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGACTATAGTCCGGt < 2:677808/149‑1 (MQ=255) ttCTCAGCCGCAGCTAATAAACCGTTTGGATGCAATCCCTTGGCTATCCTGACGAGTTAACTGAAAGCACTGCTTAGGCAGTGCTTTTTTGTTTTCATTCATCAGAGAAAATGATGTTTCCGCGTCTTGATCCAGGCTATAGTCCGGTc < 1:2418479/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |